Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTCAAATGAGGCAAACCAATGCTTAAATGTTCTATTGGCAAAATACAACCCTTTCACATGTCTTGCTgtatgtagaaagttttgttcttatgtattattgatgcttcgctttctacttattacagtttactatacttcgattttaaggtcttttttttttgtaatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052078_T01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G052078_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os04g42840.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 18
ATTTCAAATGAGGCAAACCAATGCTTAAATGTTCTATTGGCAAAATACAACCCTTTCACATGTCTTGCTgtatgtagaaagttttgttcttatgtattat-------tgatgcttcgctttctacttattacagtttactatacttcgattttaaggtcttttttttttgtaatgcag
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||| ||| |  |  |||||||| ||||       || | ||||   ||||||| |||  ||||  || ||  |  ||||| | |  |||||||     | |||||
ATTTCAAATGAGGCAAACCAGTGCTTAAATGTTCTGTTAGCAAAATATGATCCTTTCAGATGTCTTGCTgtatgtacaaactacttctcttatgtcttatgtaccactgctacttcctgttctactaattgtagttggctttatcttaattttcatgattttttttcc---actgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87156618|gb|DY401407.1|DY401407
EST:     AATGCTTAAATGTTCTATTGGCAAAATACAACCCTTTCACATGTCTTGCT                         ATTACTGTACCTTTATTGGTCAGTGATGATGAGAAGATGCTTGTTGTGTGT
genomic: AATGCTTAAATGTTCTATTGGCAAAATACAACCCTTTCACATGTCTTGCTgtatgtagaa ... tgtaatgcagATTACTGTACCTTTATTGGTCAGTGATGATGAGAAGATGCTTGTTGTGTGT
EST: gi|26559542|gb|CA831777.1|CA831777
EST:     AATGCTTAAATGTTCTATTGGCAAAATACAACCCTTTCACATGTCTTGCT                         ATTACTGTACCTTTATTGGTCAGTGATGATGAGAAGATGCTTGTTGTGTGT
genomic: AATGCTTAAATGTTCTATTGGCAAAATACAACCCTTTCACATGTCTTGCTgtatgtagaa ... tgtaatgcagATTACTGTACCTTTATTGGTCAGTGATGATGAGAAGATGCTTGTTGTGTGT