Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTCTAATAAATCCCTTGACTGCTGCGGCAAATGCAGCTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatatattacatcttcagctcatcttgtattcttctattacaaaacaactatgagctcaactaactttgttgtactctggaaaatgaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030422_T01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87156341|gb|DY401130.1|DY401130
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|211268556|gb|FL032964.1|FL032964
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGATGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|32793640|gb|CD945876.1|CD945876
EST:     GTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|22490238|gb|BU050161.1|BU050161
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAA-CCTA
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTA
EST: gi|211270985|gb|FL032966.1|FL032966
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGATGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGA
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTG-ATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGA
EST: gi|31360139|gb|CD444496.1|CD444496
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAAAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAAAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|87152395|gb|DY397184.1|DY397184
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|211270984|gb|FL032965.1|FL032965
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTANAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|19058659|gb|BM737326.1|BM737326
EST:     CAGCAAGCAAG-TCAAGGAAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CAGCAAGC-AGTTC-AGG-AGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|22520900|gb|BU079711.1|BU079711
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGGGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
EST: gi|31360482|gb|CD444839.1|CD444839
EST:     CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATG                         AATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG
genomic: CTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatat ... aaatgaacagAATGGTGATAGCAGAAGTTTGGTTGATGTAAAACCTAGAATAGCTGATGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCTCTAATAAATCCCTTGACTGCTGCGGCAAATGCAGCTGCAGCAAGCAGTTCAGGAGCTGGTGCTCCGTCAGCTATAACTGCAATGgtctgcatatattacatcttcagctcatcttgtattcttctattacaaaacaactatgagctcaactaactttgttgtactctggaaaatgaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT