Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgtgactggaaatctgccgacaaagataagcatttgcactttgtcataaccattcctgcttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G887631_T01
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G887631_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os07g38760.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 18
GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtag--gctcgtgactggaaatctgccgacaaagataagcatttg---cactttgtcataaccattcctgcttgcag
||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |  ||||| | ||| ||||| || |||||   ||||   |  |   |  |||| ||||  ||||   ||||   || ||| | || ||| |  |||  |||||
GTCATTCCTGCCTGGCTTGGTTGCTTGCCTATAAAAGATGACAAGATTGAAGCAAAAGTTGTACACGATCAGCTCTCCTCAATGGTTGAAAGgtatctgctctctatggatgacatgccaacaatcataactttttgttgcagtttataatgaccttgtctgtgtgcag

upper sequence: GRMZM5G887631_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA19G29010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgtga--ctggaaatctgccgacaaagataagcatttgc---actttgtcataaccattcctgcttgcag----------------------------------------------------
|||||||| |||||||| || ||||||||||||||||  ||     |||||||||| ||||| ||||  || ||||| || ||||| || ||||||| |  |||  | | | || |          ||    |||| |   |  |  |        |||||| |    |                                                    
GTTGTTCCTGCCTGGCTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAGGTTGTGCATGACCAACTTTGTTCAATGGTTGAAAGgtagggttatgatcccgaacatgtttttttttttattgttatttacctaatctgcttcctcttgttcctgttgcttgttgacttcaatattcggcatatgtattgatacacacttccattcaatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211018174|gb|FL213619.1|FL213619
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|37377906|gb|CF625599.1|CF625599
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|60352763|gb|DN219736.1|DN219736
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|211015404|gb|FL213618.1|FL213618
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATKCG
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATT-G
EST: gi|32938382|gb|CF043201.1|CF043201
EST:     GTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: GTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|61119517|gb|DN560478.1|DN560478
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|5018426|gb|AI714619.1|AI714619
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|211333185|gb|FL444751.1|FL444751
EST:     AAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|4775831|gb|AI664836.1|AI664836
EST:     AGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|9028748|gb|BE238788.1|BE238788
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|9028539|gb|BE238534.1|BE238534
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGC
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|71770781|gb|DR968718.1|DR968718
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|211053072|gb|FL461740.1|FL461740
EST:     TTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: TTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|60396898|gb|DN229717.1|DN229717
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|211015403|gb|FL213617.1|FL213617
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|7844583|gb|AW787805.1|AW787805
EST:     CTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: CTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|37396319|gb|CF635448.1|CF635448
EST:     GGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: GGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|60401162|gb|DN233969.1|DN233969
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|32930903|gb|CF035715.1|CF035715
EST:     ACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: ACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|9953899|gb|BE640482.1|BE640482
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|37382036|gb|CF627936.1|CF627936
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGTCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|8103149|gb|AW927807.1|AW927807
EST:     AGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
EST: gi|13149409|gb|BG319731.1|BG319731
EST:     AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAG                         GTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT
genomic: AAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 128

GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGTTTCAATTTTTGCAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 116

GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGTTTCAATTTTTGCAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 104

GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGTTTCAATTTTTGCAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 90

GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgt ... ctgcttgcagGTCGGATGCTGAAATTCTTGGGCCTCACAGTCAGTATCTTCCTAAAATTGTTTCAATTTTTGCAGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGTTCCAGCCTGGCTTAGCTGCTTGCCTATAAAAGACGACAAGGTTGAAGCTAAAGTTGTACATGGACAGCTTTGCTCCATGGTGGAGAGgtaggctcgtgactggaaatctgccgacaaagataagcatttgcactttgtcataaccattcctgcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA