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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATCTTTCATCAAATTTCATAAGTGGCTCTATTCCTATTGAGCTATCAAGGATCAACAATTTGGACACGTTgtaagccttcatcatctcacatgcattaatagtatccatttcgtgctaatcctatatataacatagatatatgtaccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G809695_T02
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G809695_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os06g10230.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
AAATCTTTCATCAAATTTCATAAGTGGCTCTATTCCTATTGAGCTATCAAGGATCAACAATTTGGACACGTTgtaagccttcatcatctcac--atgcatt-aatagtatccatttcgtgctaatcctatatataacatagatatatgtaccag
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GAATTTGTCATCAAATTTTCTAAGTGGTTCTATTCCTATTGAGCTATCGAGAATCAACAATTTGGACACCTTgtaagtcctgttagctccatctatgaattcgaaaatatctgttctatccta-ttgtgtgtgtgatg-aggtacctgtatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31405872|gb|CD484604.1|CD484604
EST:     AGTGGCTCTATTCCTATTGAGCTATCAAGGATTAACAATTTGGACACGTT                         GGACTTATCCTGTAACATGATGACGGGTCCAATTCCATCATCCATTGGCAA
genomic: AGTGGCTCTATTCCTATTGAGCTATCAAGGATCAACAATTTGGACACGTTgtaagccttc ... tatgtaccagGGACTTATCCTGTAACATGATGACGGGTCCAATTCCATCATCCATTGGCAA
EST: gi|211505743|gb|FL354866.1|FL354866
EST:     AGTGGCTCTATTCCTATTGAGCTATCGAGGATCAACAATTTGGACACGTT                         GGACTTATCCTGTAACATGATGACGGGTCCAATTCCATCATCCATTGGCAA
genomic: AGTGGCTCTATTCCTATTGAGCTATCAAGGATCAACAATTTGGACACGTTgtaagccttc ... tatgtaccagGGACTTATCCTGTAACATGATGACGGGTCCAATTCCATCATCCATTGGCAA
EST: gi|32164946|gb|CD670264.1|CD670264
EST:     GGATCAACAATTTGGACACGTT                         GGACTTATCCTGTAACATGATGACGGGTCCAATTCCATCATCCATTGGCAA
genomic: GGATCAACAATTTGGACACGTTgtaagccttc ... tatgtaccagGGACTTATCCTGTAACATGATGACGGGTCCAATTCCATCATCCATTGGCAA