Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCGGCCTATTGGTTTTGAGTGgtatgtaccctatgtgcaaggattaaatatttctttcctcctttttcccctgagaacatgcaatgcaatgtattgggtttgtttggtttcaagttgtttcttgtacatggaacccctttcgcctcttccattaaaatatttattcctctatgactgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G173137_T01
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G096553_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os05g43374.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
-------------------------------GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCGGCCTATTGGTTTTGAGTGgtatgtaccctatgtgcaaggattaaatatttctttcctcctttttcccctgagaacatgcaatgcaatgtattgggtttgtttggtttcaagttgtttcttgtacatggaacccctttcgcctcttccattaaaatatttattcctctatgactgcag
                               ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||        ||| |      |||| | | |  ||      |||  |   ||  ||     ||    || ||| || | ||     |||| |                  ||| ||||| ||||| ||    |    | |||||| ||
TATGCTATATGATACAAACTCCATTTTTAAGGGAGTTTTCAATTACAAGCATGAAAGGAGGTTATCGGCGGGTGTTCCAGCGGCCTATTGATTTTGAGTGgtatg--ccttatccc-----attga------cttttcacttcatt------agatgaccaaaatcatcacctt----ttctttcgtataaa-----ttctagc-----------------cctgttccactaaaaaat--gctttggtgtgactgtag