Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAGGCGGCTCTCGTCATGTGAAACAATGGGATCAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAGgtttgttgagtcatttaccagcccatttgtcatttaaattctttcatgatatatccccaagatgttctgacataatgcttgttcaggactttatgtcaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G132712_T01
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G132712_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os08g40530.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GTGAGGCGGCTCTCGTCATGTGAAACAATGGGATCAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAGgtttgttgagtcatttaccagcccatttgtcatttaaattc---tttcatgatatatccccaagatgttctgacataatgcttgttcaggactttatgtcaaa-
||||| || ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||  ||| | || |  |  || ||  |||  |||||    ||| | | | |||||  |  |  | |  | ||| |||    |   | ||  |||  |   
GTGAGACGTCTCTCATCCTGCGAAACAATGGGATCTGCAACTACAATATGCAGTGATAAAACAGGGACACTTACCTTGAATAAGgtttgtgaagttaattgctggtgcactt--catgaaaattgctatttgaagttgtatcctgataaattcccaatatattgccc--tggcggctgcatgctagta

upper sequence: GRMZM2G132712_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 18
lower sequence: EFJ25508 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 15
GTGAGGCGGCTCTCGTCATGTGAAACAATGGGATCAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAGgtttgttgagtcatttaccagcccatttgtcat-ttaaattctttcatgatatatccccaagatgttctgacataatgcttgttcaggactttatgtcaaa
||  | |   |  |  | || |||||||||||||| || || || || |||||||||||||| |||||||| || |||||  |||| ||   | |  | |  | |   | || |  | || | ||   |                                                        
GTCCGTCATTTGGCTGCCTGCGAAACAATGGGATCTGCAACGACTATCTGCAGTGATAAGACCGGAACCCTGACCTTGAACCAGgtatg---attgttatgacgggaaagttatggtgttgacttaccttgcag---------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71443249|gb|DR824299.1|DR824299
EST:     CAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAG                         ATGACAGTCGTGGAAGCATATTTTGCTGGAACAAAGTTGGATCCATGTGAT
genomic: CAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAGgtttgttgag ... aatcctgcagATGACAGTCGTGGAAGCATATTTTGCTGGAACAAAGTTGGATCCATGTGAT
EST: gi|31350151|gb|CD434508.1|CD434508
EST:     CAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAG                         ATGACAGTCGTGGAAGCATATTTTGCTGGAACAAAGTTGGATCCATGTGAT
genomic: CAGCTACTACAATATGCAGTGATAAGACAGGAACCCTTACATTGAATAAGgtttgttgag ... aatcctgcagATGACAGTCGTGGAAGCATATTTTGCTGGAACAAAGTTGGATCCATGTGAT