Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgtttgcttatgcttgaaacgtagaatccacaaactgtatactgccatgagtctgaatggtttatactcccctccattccaaattgtaaagca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G096389_T05
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76018787|gb|DT945957.1|DT945957
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|211368014|gb|FL470445.1|FL470445
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|211370660|gb|FL470448.1|FL470448
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|211368015|gb|FL470446.1|FL470446
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|29544081|gb|CB604461.1|CB604461
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|76018788|gb|DT945958.1|DT945958
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|78120367|gb|DV538751.1|DV538751
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|60396686|gb|DN229553.1|DN229553
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|211370659|gb|FL470447.1|FL470447
EST:     GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
EST: gi|32915231|gb|CF020043.1|CF020043
EST:     GGAGCTGTTGACGAATTGTACAAG                         ACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC
genomic: GGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgt ... ctgtgagcagACTAAAGATGAAGTTGGCAGCGCAAACAATGAAGAAGAGATGGAGTTCGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGACTTGGTTCAAAGATCAATGTGGGAGCTGTTGACGAATTGTACAAGgtatgcctgtttgcttatgcttgaaacgtagaatccacaaactgtatactgccatgagtctgaatggtttatactcccctccattccaaattgtaaagca

- - - - - -  AGATCA
- - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - -  GCTGTT