Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGGTGAAGGATGGAACTTCGGTGAAGTTGCGGAAAATCAACGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAGgtaagtttaattggaacaaactcgtgatgttcaatggtcactttttaggtggtgtttgaatgcactagagctaataattatttggctaacaaattacaag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158043_T02
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G158043_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os04g08270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
GTATGGTGAAGGATGGAACTTCGGTGAAGTTGCGGAAAATCAACGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAGgtaagtttaattggaacaaactcgtgatgttcaatggtcactttttaggtggtgtttgaatgcactagagctaataattatttggctaacaaattacaag
|||||||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||| | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||| |    |||   |  |    |  ||    |          |    |  |   || ||   || |    ||   |||   |    |  |  || 
GTATGGTGAAGGATGGGACTTTGGTGAGGTTGCACAAAATAAGCGTGGAATAAATGCATCCCAGATTAATATGAGTGGCACAGGAATTGGTAGgtaagttaatcctgaattgataccaactcatcgtgtgctgtgaagaggccaattatgccatacagaggaacctgcaaaagtttccttgtagatatttaaa

upper sequence: GRMZM2G158043_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
lower sequence: AT5G04360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 16
GTATGGTGAAGGATGGAACTTCGGTGAAGTTGCGGAAAATCAACGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAGgt----aagtt-taattggaacaaact----cgtgatgttcaat-----ggtcactttttaggtggtgtt--tgaatgcactagagctaataatta--tttggctaac--aaattacaag-------------
 ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||| |||||||  || ||| | ||| |  | || || || ||||| ||||    ||||  | | |  || ||| |    | |  |  | |||     || ||  || |   |    |    || || || | |     | || |  ||||  | ||   ||||                  
ATATGGCGAAGGATGGAACTTTGGTGAAGTTGCTGAAAATGGACGTGGAATAAATGCGTCACAGTTCAATTTAGGCGGGACAGGAATTGGAAGgtttgaaagtcattactttaataaattgtacctttttagttaatccgttggacatcttgtcactttcttcaacgattgtacaacattccctgatcaattttgttttacctgaattgtttaaatctctattcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60396203|gb|DN229072.1|DN229072
EST:     CGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAG                         TTTCAACGATAGAATCCGTGATGCTATAAATGGTGGCAGTCCGTTTGGGAA
genomic: CGTGGGATAAATGGATCCCAGCTAAATATGAGTGGCACTGGGATTGGTAGgtaagtttaa ... atatttacagTTTCAACGATAGAATCCGTGATGCTATAAATGGTGGCAGTCCGTTTGGGAA