Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGAAATATTTGAATTTTGCTTTCATGACACAGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtccttattagcctggcgtgcctgttctcatctattccttgatatcctgattgcaacgtctttaatgcaaccttcatttgtcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G096553_T01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60349430|gb|DN216403.1|DN216403
EST:     AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
genomic: AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
EST: gi|67025158|gb|CO453907.1|CO453907
EST:     ATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGTCGAGTGTTCCAGCG
genomic: ATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
EST: gi|86465812|gb|DY232185.1|DY232185
EST:     AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
genomic: AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
EST: gi|71773678|gb|DR971575.1|DR971575
EST:     AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
genomic: AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
EST: gi|60347237|gb|DN214210.1|DN214210
EST:     AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
genomic: AGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
EST: gi|60397731|gb|DN230547.1|DN230547
EST:     ATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
genomic: ATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
EST: gi|13149531|gb|BG319853.1|BG319853
EST:     TTCATGACACAGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAA                         GGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG
genomic: TTCATGACACAGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtcctt ... catttgtcagGGAGTTTTCGATTACAAGCATGAAAGGTGGTTACCGCCGAGTGTTCCAGCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGAAATATTTGAATTTTGCTTTCATGACACAGGATGGCATTAGCTTGACGGAGAATGCTCATGGTGTCAAgtgagtccttattagcctggcgtgcctgttctcatctattccttgatatcctgattgcaacgtctttaatgcaaccttcatttgtcag

- - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA