Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggcatgaactagctctctccctttttactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081682_T01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
GTTGGGACACAGATCAGTTCATGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggcatgaactagctctctccctttt-tactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaacag---
|||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||  |  | |  || |  | || |||  |       ||  | || |  | |        | ||||   || ||     ||||  | |    |   
GTTGGGACACCGATCAGTTCCTTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggt-----aattatcaatatgatact-------attcatg--agttgtaatgttttgatatggttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32908733|gb|CF013546.1|CF013546
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211073602|gb|FL380705.1|FL380705
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|5762062|gb|AI967110.1|AI967110
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|24764290|gb|CA399456.1|CA399456
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211046951|gb|FL455967.1|FL455967
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|6095640|gb|AW120307.1|AW120307
EST:     TGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGCCTTGCACCTGGTGGTTTCANACTTTAATGCCAAATT
genomic: TGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCA-ACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|4688570|gb|AI637240.1|AI637240
EST:     CATTGCA-AGGCTA-TTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCNCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: CATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|26559536|gb|CA831771.1|CA831771
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGG-GGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|32916469|gb|CF021281.1|CF021281
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|6194746|gb|AW146850.1|AW146850
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|87155905|gb|DY400694.1|DY400694
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211046948|gb|FL455964.1|FL455964
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|7145170|gb|AW506651.1|AW506651
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211046950|gb|FL455966.1|FL455966
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|32866939|gb|CF006621.1|CF006621
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|33104022|gb|CF063982.1|CF063982
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|74232803|gb|DT640717.1|DT640717
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|5846747|gb|AI999830.1|AI999830
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGC
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGC
EST: gi|60358930|gb|DN225903.1|DN225903
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|22715090|gb|BU197572.1|BU197572
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|22715088|gb|BU197571.1|BU197571
EST:     ATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCCCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: ATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|60398484|gb|DN231300.1|DN231300
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211313620|gb|FL416741.1|FL416741
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|32909378|gb|CF014190.1|CF014190
EST:     GACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: GACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|31250143|gb|CD219167.1|CD219167
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|21331635|gb|BQ487016.1|BQ487016
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACCTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|76014001|gb|DT941171.1|DT941171
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211371193|gb|FL385803.1|FL385803
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|211434578|gb|FL418942.1|FL418942
EST:     TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTNAGAAT                         GGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGACAGACATTGCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTAGTTAAGAATgtgagtggca ... tgtttaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT