Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAGCCATATCATGGATCCTATAGATGATTCAACATTCAAAAATATCTGGATGGCCACTGCCAAGgtgagataaatgtttgctgaagtttttaaggcaaatcagtagcactaaattctgatgctattacttttattatggaaattcatatcaaaataaataaata...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G066485_T02
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G066485_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os05g29050.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
GTTAGCCATATCATGGATCCTATAGATGATTCAACATTCAAAAATATCTGGATGGCCACTGCCAAGgtgagataaatgtttgctgaagtttttaaggcaaatcagt--agcactaaattctgatgcta-ttacttttattatggaaattcatatcaaaataaataaata
|| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   |    |   |||        | ||| |  | | |||    ||  |   | | |    |  ||  |  | || |   | |||  | ||   
GTCAGCCATATTATGGACCCTATCGATGACTCAACTTTCAAAAATATCTGGATGGCCACTGCTAAGgtgagagaaaacataaacgttttttcctgccatagtcaatttaaccctagccacttgtatcactcaaaactgctaatgctactcttcctagaatgtagaa---