Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTAGCCTACCAGGCAAGTTCATAGATGCCATTGAGTTCAATACACATAACTCATCAACTCCAgtatgatttccctcccaccctcccttttcctgtctcagttatactctctccgtttttaaatatatgacactcttgactttttaaaaaaactttgattact...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G446895_T03
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G446895_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 17
lower sequence: LOC_Os08g05670.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
CTCTAGCCTACCAGGCAAGTTCATAGATGCCATTGAGTTCAATACACATAACTCATCAACTCCAgtatgatttccctcccaccctcccttttcctgtctcagttatactctctccgttttta-aatatatgacactcttgactttttaaaaaaactttgattact-----------------
  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||  || ||||||||||||||||||| || ||| | | ||| |     |   |  |    |  |||   | ||| || || | ||  |  |     || |  | || |       |||||                 
TCCTAGCCTACCTGGCAAGTTCATAGATGCCATTGAGTTTAACACACGGAATTCATCAACTCCAgtatgatctctctctctctctctcacgcacacacaaatcatttatcttatcatttgtacaaaaaatttccatacatgctctacataatataacatgttactataacctaacttgttag