Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G416120_T01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgt-catgaatgatattgtacag
|| ||||| ||||| ||||| || || || || || || || ||||| || ||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||      | |   ||| |      | | | | ||      | ||| |   |    || ||  |  ||||||||  ||    ||   |  || |  ||
GTGCACACTATTGCTTCCAACGCAGGTGTAGAAGGGGCTGTTGTTGTCGGTAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgat------tgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgt----ctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtag

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT3G23990.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacag
||  |||| || || || |||||||| || || || || ||  |||| |||||||| ||||||||||  ||| | ||||| |||||||||||||||||||||  | |   |  |   |  |  | |    | |||||    |  | ||||| |  || |  |||  | ||       |  |                     
GTTTACACAATCGCTTCAAATGCTGGAGTTGAAGGTGCTGTTATTGTTGGCAAGCTCTTGGAGCAAGATAACCCAGACCTCGGTTATGATGCTGCTAAAGgtgagtttcacaatccatcatcactt---cacttttgttctctctgaagattgc-atttagctaactgtggagaacaaactag-------------------

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT2G33210.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtca-----tgaatgatattgtacag--------------
||  |||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||    |   ||||||   | |||||   |   ||  |   |  ||    | |       |   ||||| ||| |  ||||  |      ||||  |  || |   |              
GTTTACACGATTGCTTCCAATGCTGGAGTCGAGGGTGCAGTTGTCGTAGGCAAGCTTTTGGAACAAGATAATCCTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgt----tacactctta---tatgcattagataattcactttctatagttcttgatccaccttgttatatatttccctatattccgaaatctgaactagcttcttttggcatttactttcag

upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: PP1S149_289V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 15
GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatga-tctcttagtgtttgcatgccaattt---ttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacag
|   |||| |||||   ||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||||  |||||    | |||| ||||||||||| ||||||  | ||| | |  | | |  |  |       ||   ||   |||| |   ||| || ||   |||||  | |||  |   |   ||   || | |   |     
GCGTACACAATTGCACGCAATGCTGGAGTGGAGGGAGCTGTCGTTGTTGGAAAGCTTATGGAGCAAACAAACATGAGCATTGGATATGATGCTGCAAAAGgttggttgaattttcttgcgcctcgaacttgggttgaatttagaacactgtcgattggaat-catctatg-aggttgacaattccatcc--aacgttgccgatt--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6445583|gb|AW179546.1|AW179546
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|149073907|gb|EE162235.2|EE162235
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|19770412|gb|BQ035133.1|BQ035133
EST:     GTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: GTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|31349659|gb|CD434016.1|CD434016
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCCGCTAA-GGTC
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCC-GCTAAAGGTC
EST: gi|32914117|gb|CF018929.1|CF018929
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|166433143|gb|EG319961.1|EG319961
EST:     AAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTC
genomic: AAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCT-AAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTC
EST: gi|91875568|gb|EB405525.1|EB405525
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|60337000|gb|DN203973.1|DN203973
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|60353910|gb|DN220883.1|DN220883
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|24764192|gb|CA399359.1|CA399359
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|78078493|gb|DV506906.1|DV506906
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGG
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGG
EST: gi|67023389|gb|CO452138.1|CO452138
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|60347399|gb|DN214372.1|DN214372
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|149077208|gb|EE165874.2|EE165874
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|32858330|gb|CD998011.1|CD998011
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|37374359|gb|CF623530.1|CF623530
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|60397601|gb|DN230417.1|DN230417
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|166508610|gb|EG293670.1|EG293670
EST:     AAGTCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTC
genomic: AAG-CTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTC
EST: gi|4874396|gb|AI673916.1|AI673916
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|30088021|gb|CB886226.1|CB886226
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|21432198|gb|BQ547688.1|BQ547688
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|28982390|gb|BQ538103.2|BQ538103
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|32857688|gb|CD997369.1|CD997369
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAATACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
EST: gi|30088022|gb|CB886227.1|CB886227
EST:     CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAG                         ACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA
genomic: CAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 165

GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 83

GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 72

GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 116

GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgat ... tattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTACACACCATTGCCTCCAATGCTGGGGTGGAGGGAGCAGTAGTTGTGGGCAAGCTTTTGGAGCAAGGAAACACTGACCTTGGTTATGATGCTGCTAAAGgtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgtcatgaatgatattgtacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT