Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtgtttactagttatgcttctgcagctattttttttgttgcttttcttatattcagttgctgctgaagaaacaattgattgaatccagaagaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168337_T01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168337_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os02g50360.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 15
GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtgtttactagttatgcttctgcagctattttttttgttgcttttcttatattcagttgctgctgaagaaacaattgattgaatccagaagaa--
| || |  ||||| ||||||||| ||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | | | ||    ||  | || |   |   | |     | | |    || || |||        |    | |    |||  | |   | | |       
GTAACAGTAGCTCTTGTACTGGACAGTGCCATGATGAAGGCGAAATATGTGTAGGGGCAGAAGTGGAAGGTGGAGGCAGATGTGTTGTATCTACAACTAGgtatcttcttttcttgag--acgcatactcccttctagaactaggtaacatttttctatgggcccttttagaacgttgaaatcaaatccctactgtgcgtta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76021580|gb|DT948750.1|DT948750
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|6637083|gb|AW261355.1|AW261355
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGGTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|60359634|gb|DN226607.1|DN226607
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|71440906|gb|DR821956.1|DR821956
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|78116309|gb|DV534696.1|DV534696
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|31352461|gb|CD436818.1|CD436818
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|32862740|gb|CF002422.1|CF002422
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|78112706|gb|DV531100.1|DV531100
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|149076345|gb|EE164961.2|EE164961
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATTTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|32934308|gb|CF039120.1|CF039120
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
EST: gi|213168699|gb|FM182972.1|FM182972
EST:     GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAG                         GTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA
genomic: GTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 121

GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCACGTTCTTCCAGCGAACTCGTCAGATCCAATGGGTGCTGCAGATCCCGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 54

GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCACGTTCTTCCAGCGAACTCGTCAGATCCAATGGGTGCTGCAGATCCCGTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 44

GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCACGTTCTTCCAGCGAACTCGTCAGATCCAATGGGTGCTGCAGATCCCGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 76

GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtg ... cacttcccagGTATGTTCCTGCTTATTCAACTCGGGTGAAGTTTGAGGACAATGCATGGCACGTTCTTCCAGCGAACTCGTCAGATCCAATGGGTGCTGCAGATCCCGTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAATAAAAGCTCATGTACTGGAAAGTGTGGTGATGAAGGTGAAGTATGTGTAGGGGCAGAGGTGGAGGGTGGAGGTAGATGTGTTGTATCTACAACCAGgtaacctgtgtttactagttatgcttctgcagctattttttttgttgcttttcttatattcagttgctgctgaagaaacaattgattgaatccagaagaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaca