Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgttatctttatatttcatggggtcataagcttaatcattaagattttctctgatcaatcgtattttgtcgtcccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G022383_T01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G022383_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
lower sequence: LOC_Os01g42260.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 15
AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatg--atgttatctt-tatatttcatggggtcataagcttaatcatt---------aagattttctctgat--caatcgtattttgtcgtcccag
 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||||||||||  |||  |  |  | | ||||||||  || |  |||| | ||||         | | || |||||| |  ||||| | |||||||    |||
GAACAAAGAAGATATGATTTGCTCCTGTGATGGTGATGGTGAAGTCCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGCCTGACCTTTGTTAAGGTCTTTAAGgtatgcaatgcaacttcatgtgtttcatggtatcttctgctttaacattcaacttctgatgcttgtctctgtttccaatcat-ttttgtcccaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020143|gb|CO448892.1|CO448892
EST:     GCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAG                         GCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
genomic: GCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
EST: gi|211426280|gb|FL284121.1|FL284121
EST:     ATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAG                         GCAGGTGCTACTCARATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
genomic: ATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
EST: gi|76281467|gb|DV021035.1|DV021035
EST:     CATGTGTTAAGTTGTTTAAAG                         GCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGC
genomic: CATGTGTTAAGGTGTTT-AAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGC
EST: gi|211426278|gb|FL284119.1|FL284119
EST:     GTTAAGGTGTTTAAG                         GCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
genomic: GTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
EST: gi|60355397|gb|DN222370.1|DN222370
EST:     GCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAG                         GCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA
genomic: GCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 307

AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCAGCTGCCTCAGAGAAAGCAATCTACATACTTGATGGGGAGACACAACATG


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 144

AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCAGCTGCCTCAGAGAAAGCAATCTACATACTTGATGGGGAGACACAACATG


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 153

AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCAGCTGCCTCAGAGAAAGCAATCTACATACTTGATGGGGAGACACAACATG


Block sizes: 40 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 213

AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgtt ... gtcgtcccagGCAGGTGCTACTCAGATGAGATTTCAACCTCGTAAGGGAAAGTATCTAGCAGCTGCCTCAGAGAAAGCAATCTACATACTTGATGGGGAGACACAACATG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACAAAGAGGATATGATATGCTCCTGTGATGGTGATGGGGAAGTGCGCAGCTGGAGCATAAATAATGGTAGCTGTTTGACATGTGTTAAGGTGTTTAAGgtatgatgttatctttatatttcatggggtcataagcttaatcattaagattttctctgatcaatcgtattttgtcgtcccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT