Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACAAATGCCGACATTATGAAATTTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcggatacgctggaactactttcgtagtgtagtagccactacatgatatctaaagaatcagctgatgttgtcctcaaatttagtctaacaagtg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G460078_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G460078_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g55590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GCACAAATGCCGACATTATGAAATTTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcggatacgctggaactactttcgtagtgtagtagccactacatgatatctaaagaatcag--ctgatgttgtcctcaaatttagtctaacaagtg
|||||||||| ||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||       || || ||  |  ||    |  ||| | |||   | |  |  |    | |   ||  ||    ||||  | | | | |   ||   | | 
GCACAAATGCTGACATCATGAAAGTTGGTGGTTATAAGCTGTCTGCATTAGAAATTGAGTCAGTGCTGTTACAGgtaaatatccccacactagacattattagcaaacgtact-gccttgaaagaacttgctgatacgtagtactttccttgtggtaagaataaaggtagacaat-

upper sequence: GRMZM2G460078_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv09s0002g04170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GCACAAATGCCGACATTATGAAATTTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcggatacgctggaactactttcgtagtgtagtagccactacatgatatctaaagaatcagctg---atgt-tgtcctcaaatttagtctaacaagtg-------------------------------------
| |||| ||| || ||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||   ||||||||| ||       |   |    |    ||     |  ||| |   |   ||        |     ||  ||    |||  | |  | |||   | | | | || |                                      
GTACAAGTGCTGATATTATGAAGGTTGGCGGTTACAAGTTATCTGCATTAGAAATTGAAGCAGCGTTGTTAGAGgcaagtatttgtcttcctctatattttgttctgcttagaaataatatcacagctatgagtttctcctctttgtatgcatattattaaaaaaattttgaaaaataaaatgagagtcatgaaaaccttctcctttttctacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6601765|gb|AW256206.1|AW256206
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|5847518|gb|AW000597.1|AW000597
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|87153333|gb|DY398122.1|DY398122
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|32867326|gb|CF007008.1|CF007008
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|37385309|gb|CF629791.1|CF629791
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|17921701|gb|BM259352.1|BM259352
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|37377992|gb|CF625646.1|CF625646
EST:     TGTCAGCATTAGAAATGGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAG
genomic: TGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|18177865|gb|BM379075.1|BM379075
EST:     AGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGCCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: AGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|93012881|gb|EB638401.1|EB638401
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|211208064|gb|FL437175.1|FL437175
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|17970088|gb|BM276854.1|BM276854
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
EST: gi|78120378|gb|DV538762.1|DV538762
EST:     TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAG                         CATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT
genomic: TTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcgg ... ttgtcttcagCATGATGCTGTACTGGAATGTGCTGTCCTTGGCTTGCCTGATGAAGCCTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCACAAATGCCGACATTATGAAATTTGGCGGTTACAAGCTGTCAGCATTAGAAATTGAGGCAGTACTGTTAGAGgtaaactcggatacgctggaactactttcgtagtgtagtagccactacatgatatctaaagaatcagctgatgttgtcctcaaatttagtctaacaagtg

- - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaaagaa