Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATAACATTGCACAAGACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgtcgttcgcattttgtcaggggccggtagtcagcgccccggctttagtaccacatcggctagccaagggggccgtgggcagcttataaggga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G160430_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5296357|gb|AI783127.1|AI783127
EST:     ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|101387701|gb|EB815865.1|EB815865
EST:     ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|37385615|gb|CF629958.1|CF629958
EST:     ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|113701345|gb|EE678849.1|EE678849
EST:     ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCTTGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|37376279|gb|CF624650.1|CF624650
EST:     TGACTTGTACAACATCTTAAGAATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCC-TGGATCATA
genomic: TGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|148950293|gb|EC895852.2|EC895852
EST:     ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|5846979|gb|AW000058.1|AW000058
EST:     ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTG                         GCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGTACAACATCTTAAGAATAGTGTCCTTGGTTGGTGTCGTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTTCTCCTTCGGTATGGGTTCCATTCCATGGATCATA