Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcctgatacctatttcaaccgaaaggacttcttactctgtttcgtggttataactgaacgttatgttgtcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G139894_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G139894_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os11g29380.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcctg-atacctatttcaaccgaaaggacttcttactctgtttcgtggttat-aactgaacgttatgttgtcag-
||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| | | |||   ||| |    |||| ||||    || |||||   |||| | ||| | |||  ||   ||| || |    
TCATGCAAGATCTCAACCCAAGGGTGCTAACCTTGAAGATAGGGTTCCAACTGATGTTGAGGATGATCCATTGGCTGCTGCCAGACAAGCTGACCCAGATgtacgaaccctttgtacttcgcacaacagaaacatttttttactaaatttcattgtttttaacaaaatcctatattttttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211172446|gb|FL130947.1|FL130947
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|87153156|gb|DY397945.1|DY397945
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|78125563|gb|DV543947.1|DV543947
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32932509|gb|CF037321.1|CF037321
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCCTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|33093214|gb|CF053208.1|CF053208
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|18450516|gb|BM428794.1|BM428794
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|18659890|gb|BM500576.1|BM500576
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174115|gb|FL130952.1|FL130952
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174124|gb|FL130961.1|FL130961
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTNCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAAATACATAACCTATGCTAAG
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAA-TACATAACCTATGCTAAG
EST: gi|32943927|gb|CF048746.1|CF048746
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174121|gb|FL130958.1|FL130958
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGARATACATAASCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174118|gb|FL130955.1|FL130955
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32931979|gb|CF036791.1|CF036791
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174117|gb|FL130954.1|FL130954
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32934497|gb|CF039309.1|CF039309
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|60351822|gb|DN218795.1|DN218795
EST:     AAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: AAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211172447|gb|FL130948.1|FL130948
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|18450515|gb|BM428793.1|BM428793
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACATATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32932452|gb|CF037264.1|CF037264
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32932490|gb|CF037302.1|CF037302
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|211174120|gb|FL130957.1|FL130957
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
EST: gi|32911609|gb|CF016421.1|CF016421
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCGTGAAGAAATACATGACCTATGCTAAGCTGAA
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGC-TGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAA
EST: gi|211172449|gb|FL130950.1|FL130950
EST:     CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGAT                         GTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT
genomic: CTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 423

TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT


Block sizes: 46 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 59

TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 47

TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT


Block sizes: 36 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 21

TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcc ... atgttgtcagGTCCTTTCCCAAGACATGCTGAAGAAATACATAACCTATGCTAAGCTGAATGTGTTTCCCAAAATACATGATGCCGATCTAGACAAGATTAGCCATGTTT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCACGCCAGATCCCAGCCGAAGGGGGCTAACCTTGAAGACAGGGTTTCAACTGATGTGGATGATGATCCACTGGCTGCTGCAAGGCAAGCTGACCCAGATgtatgtatcctgatacctatttcaaccgaaaggacttcttactctgtttcgtggttataactgaacgttatgttgtcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA