Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggttgttgctctgaatgcccttgtgttgtgtcctgtctttatactcctaggttgaggcgctaataccatgtcatgtccttcattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G133919_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G133919_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os02g58340.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggttgttgctctgaatgcccttgtgttgtgtcctgtctttatactcctaggttgaggcgctaataccatgtc-atgtccttcattcag
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | |||     |  |   | ||  |||   | ||||    |||    || | |||  |  || || | | || |||| |         
GAGGCTATGCAGCTGGATACTACAGTTACAAGgtatattgctgtaaacgtttaaaacattacgttcc-ttctgtggc-atatgagtatgctgaaac--tagtatcttttctatgtgcacag-----

upper sequence: GRMZM2G133919_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT5G10540.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggt-------tgttgctctg-aatgcccttgtgttgt-gtcctgtcttt-atactcctaggttg-----aggcgctaataccatgtcatgtccttcattcag
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||     |       |||| || |  ||| | |   ||  |  || || |     ||  | ||  | ||     |      |||||  | |  ||  |  | | |||
GTGGTTATGCAGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaaaatatattcttttgtttctatataattcaccgatgcagcagttctattcacgatggttctctgctggtcaaatatctaaatacacttttgtggacaacgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14243309|gb|BG841007.2|BG841007
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|5871243|gb|AW017714.1|AW017714
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|40335046|gb|CK369116.1|CK369116
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|116824661|gb|EC868295.1|EC868295
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTCCTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|14244905|gb|BG842843.2|BG842843
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|6020894|gb|AW065822.1|AW065822
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|485666|gb|T18736.1|T18736
EST:     TTGCAGGTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGG                         TGGGCTGAAGTCCTGTCAGCTGATGCATNCTCAGCNTTTGAAGACGCTGG
genomic: TTGCAGGTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAA-Ggtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGG
EST: gi|60401020|gb|DN233827.1|DN233827
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|14242856|gb|BG840631.2|BG840631
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|37382536|gb|CF628220.1|CF628220
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|31997605|gb|CD661676.1|CD661676
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|78021291|gb|DV489678.1|DV489678
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|40336438|gb|CK370508.1|CK370508
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCTGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|149075397|gb|EE163911.2|EE163911
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|28982897|gb|BQ538418.2|BQ538418
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|29543522|gb|CB603904.1|CB603904
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|149009255|gb|EE153869.2|EE153869
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGGTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTTTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|14244353|gb|BG842414.2|BG842414
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|67025999|gb|CO454748.1|CO454748
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGA-ACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAAGC-CTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCCTTTGAAG
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAA-GTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAG
EST: gi|40335258|gb|CK369328.1|CK369328
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|15589996|gb|BI674612.1|BI674612
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|71758760|gb|DR956697.1|DR956697
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCGGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|67022921|gb|CO451670.1|CO451670
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTCCTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
EST: gi|110220920|gb|EC902818.1|EC902818
EST:     GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAG                         TGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTTTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT
genomic: GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 175

GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGTTTGGATGATGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 161

GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGTTTGGATGATGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 112

GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGTTTGGATGATGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 193

GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggtt ... cttcattcagTGGGCTGAAGTACTGTCAGCTGATGCATTCTCAGCTTTTGAAGACGCTGGTTTGGATGATGAGAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGCTATGCTGCTGGATACTACAGTTACAAGgtaggtggttgttgctctgaatgcccttgtgttgtgtcctgtctttatactcctaggttgaggcgctaataccatgtcatgtccttcattcag

- - - ATGCTG
- - -  TGCTGC
- - - - GCTGCT
- - - - -  GCTGGA