Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G109383_T02
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttt---tttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||        | ||  |  | |   ||   | ||||||  |    |||  |  | ||| ||||     | | ||||||| ||  |||||
GGACAACCTTGGAGGCGATAAGCTTGTTACTGTTGAAGATATTGTTCGCCAGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttacacaaatattcaatgtacat-ttatgtgtatgtat-atacattt--ggcaacatgctaaccatgcca-tttttttcttcctgaag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||  |  |    |   |  | | |||    | |   ||  |   ||||   | |||| | ||    |   | |||||||||   | |||
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgta--tgatacaatcgcattttctcctactttgt---tataattggttttgaaaatcagt-tagtgacctcaatttttttttccttaaag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA03G05150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| || |  |  ||||||||||| |||       |    | ||||   |||   |  |   ||  | ||||||     |||| | |||   |   | ||||||||  | | |||
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGTCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATAATCAATATGACTATGAAgtatga----tacaatcacattttcctcctactttgttataatctgttttgagaatcagt-taatcacctcaattttttttcct-taaag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA08G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || || || ||||||||||| |||       |    | ||||    ||   |  |   ||  | ||||||     |||| |       | ||| |||||||  ||      
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatga----tacaatcacat-tttctcctactttgttataatctgttttgagaatcagttagtgacctcaattttttttccttaaag--

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT1G70730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GGACAACCTTGGAGGAGAT---AAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagttttt----ttttttgtgaag
    | |||||  ||  ||   || || || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||| || || ||||||||||||   |          | ||| |  |      | |  || |  |||  || |    |||     ||  ||| || |     |||  |    ||
---AACCCTTGATGGGAATGCAAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACATATGGCCGTCACTATTACACTCGATACGACTATGAGgtaaaactgac------aaatgtcattattggttgtagacaatatgtagaataaccaattacctttgaccaatttctaaatatttgctccatag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: EFJ05270 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 13
GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttttttttgacatgccccttgcatatatgtaccacctgtttaagatatcattctaaatgcacaagtttttttttttgtgaag
|||    |  |  || |  |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||| |||||| || |||||||| ||||||          | | | | |           |   | |   || | |    | |  ||||   ||| ||                   
GGATGTTCCGGCTGGCGGCAAGCTTGTAACTGTGGAGGATATCGTCCGCCAACACTGGGCCACTTACGGTCGTCATTTCTACACCCGATATGACTACGAGgtaaga-------tgtaagacgtttggcatgacttaatgctttctctcttcctttttgttctgcctgc-cag------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211190027|gb|FL186117.1|FL186117
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|29130007|gb|CB380711.1|CB380711
EST:     CACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: CACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|7216825|gb|AW562947.1|AW562947
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|120480298|gb|EH210799.1|EH210799
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|149109220|gb|EE293196.2|EE293196
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|18167299|gb|BM337138.1|BM337138
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|20508129|gb|BQ279907.1|BQ279907
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|12970130|gb|BG266829.1|BG266829
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67018536|gb|CO447285.1|CO447285
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGNGCTGCTAAGGAGCT-ATGGCANACCTAGTA-GCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67025110|gb|CO453859.1|CO453859
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211541125|gb|FL006426.1|FL006426
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|31363628|gb|CD447985.1|CD447985
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AAATGT-GATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCCTAGTA-GCA
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAA-TGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACC-TAGTAAGCA
EST: gi|12046898|gb|BF729037.1|BF729037
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|78180558|gb|DV551051.1|DV551051
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|213170007|gb|FM188153.1|FM188153
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67024524|gb|CO453273.1|CO453273
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32838974|gb|CD978655.1|CD978655
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211341565|gb|FL066571.1|FL066571
EST:     ACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: ACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|60401463|gb|DN234270.1|DN234270
EST:     CCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: CCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32909657|gb|CF014469.1|CF014469
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|149013082|gb|EE042781.2|EE042781
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|24768906|gb|CA404035.1|CA404035
EST:     GCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32910896|gb|CF015708.1|CF015708
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGC
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGC
EST: gi|67022599|gb|CO451348.1|CO451348
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AAATGT-GATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCAT
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAA-TGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCAT
EST: gi|19769724|gb|BQ034445.1|BQ034445
EST:     GGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTG
genomic: GGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67014425|gb|CO443174.1|CO443174
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|26456763|gb|CA828346.1|CA828346
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCGTG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|5296227|gb|AI782907.1|AI782907
EST:     ATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGGCA-GGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCAT
genomic: ATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGAT-GCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCAT
EST: gi|31354675|gb|CD439032.1|CD439032
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|31356718|gb|CD441075.1|CD441075
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|148974650|gb|EE025448.2|EE025448
EST:     AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCACTGGGCCACATATGGTCGCCATTACTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... ttttgtgaagAATGTTGATGCAGGGGCTGCTAAGGAGCTTATGGCAAACCTAGTAAGCATG