1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
TGAAGCGTTGGTGATACTCGCTAGTGCCTCCGACCTTCTACTTCGTGCTACCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttcttccattcgtcagatttcgtaacaggagaattcttccaacaaaattctctgttctgttccattgtgctctgctgtcattaaacacgatcaagttaccatttccatgcactctttatctgctgactgtcgtttgtctggtggatacatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107101_T04 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAG-GACCGCTCGGGCTGEST: gi|13490512|gb|BG517276.1|BG517276
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTG
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGATEST: gi|37397716|gb|CF636166.1|CF636166
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGATEST: gi|91873510|gb|EB403467.1|EB403467
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGATEST: gi|67013730|gb|CO442479.1|CO442479
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
EST: CCGATGGAATGCTCGTNGATGGTGAAGCTTGTCCTTTGCCACAGCTTGAG CTCCTGGAA-TGACCGCTCGGGCTGTCCEST: gi|40336821|gb|CK370891.1|CK370891
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCC
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAAT---GAGATEST: gi|40337172|gb|CK371242.1|CK371242
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGATEST: gi|211306980|gb|FL381266.1|FL381266
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGATEST: gi|211167624|gb|FL375018.1|FL375018
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTC-ATCTTACCATCGAATGGGGAGAEST: gi|211533313|gb|FL400718.1|FL400718
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGA
EST: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAG CTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
genomic: CCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttc ... atacatgcagCTTCTGGAAGTGACCGCTCGGGCTGTCCATCTTATCATCGAATGGGGAGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAAGCGTTGGTGATACTCGCTAGTGCCTCCGACCTTCTACTTCGTGCTACCGATGGAATGCTCGTCGATGGTGAAGCTTGTACTTTGCCACAGCTTGAGgtgacatttcttccattcgtcagatttcgtaacaggagaattcttccaacaaaattctctgttctgttccattgtgctctgctgtcattaaacacgatcaagttaccatttccatgcactctttatctgctgactgtcgtttgtctggtggatacatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC