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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCATTGGAACGATCCTTGGAGAAATTAGATGATGTGAGGAAAAAGAAGTTATCAGATATGATTGGTTCTTCCAGTGACAGTGTTTTGAGTTCAGGAACAGgttagttttgcttttgtagttttacttgtattcaaatggatcaaatatctctgttttggactaatttatgtacaaactacacttctccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068755_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g60040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
------CCATTGGAACGATCCTTGGAGAAATTAGATGATGTGAGGAAAAAGAAGTTATCAGATATGATTGGTTCTTCCAGTGACAGTGTTTTGAGTTCAGGAACAGgttagttttgcttttgtagttttact-----tgtattcaaatggatcaaatatctctgttttggactaatttatgtacaaactacacttctccag
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ATGAAACCATTGGAAAGATCCTTGGAGAAATTAGATGACGTGAGGAAAAAGAAACTGTCAGATATGATAGGCTCTGCCAGTGATACTACTT------CAGGGACAGgttagaactgctgctagactgctactctctctgtttcccatatttccattttcctctgttttgtactcattcctataccaaccataccatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33094766|gb|CF054760.1|CF054760
EST:     ATCAGATATGATTGGTTCTTCCAGTGACAGTGTTTTGAGTTCAGGAACAG                         CTCCAATCACAACATCAGGAGCAGCCACATCTGCTCGCGGG
genomic: ATCAGATATGATTGGTTCTTCCAGTGACAGTGTTTTGAGTTCAGGAACAGgttagttttg ... acttctccagCTCCAATCACAACATCAGGAGCAGCCACATCTGCTCGCGGG