Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATTCAGCTGCTGGTGGGTACATTGATCCAATGGATCTTTACGGAGCTTATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcaccaaacaaatgcacaaatggcaagttttttttaatcatctgtgaatcgtcatctaataatcaattttataatgttctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060977_T05
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060977_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
TGATTCAGCTGCTGGTGGGTACATTGATCCAATGGATCTTTACGGAGCTTATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcac-caaaca------aatgcacaaatggcaagttttttttaatcatctgtgaatcg-tcatctaataatcaattttataatgttctag-------------------------------------------------------------------------------------
 | |    ||| |||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  |||||||||||  | ||| | || ||  |||||||  | |||| |       ||||  |    |||   |    |||   ||  || ||| | ||     | | |     | | |  | | |||                                                                                     
GGGTGACTCTGGTGGTGGTTACATGGAACCCATGGATCTTTATGGGGCTTATGGTTCAATGCGAACTTATGGCAGGTTCTGCAGTGGTATCGACTATGATgtaagtgcacaaatacattattatgcttatgatgcacagtaggcttatatataagttaattggtccgagtacatttgtgataacagagctgtaggcttaatgttggttcgttgtgattgtcaccaattatctgttgaatctcatgcaaatcatctaacaaaaacttgttgatgtcccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32793486|gb|CD945722.1|CD945722
EST:     GATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: GATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|211495481|gb|FL464081.1|FL464081
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|78107953|gb|DV526371.1|DV526371
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTTTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGGGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60352542|gb|DN219515.1|DN219515
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|148949106|gb|EC894535.2|EC894535
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|149076356|gb|EE164973.2|EE164973
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|6538840|gb|AW224979.1|AW224979
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|149085023|gb|EE174532.2|EE174532
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTTTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|113702665|gb|EE680169.1|EE680169
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|9730867|gb|BE509619.1|BE509619
EST:     ATGGTTCAATGAGATCCTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|37395454|gb|CF635007.1|CF635007
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|33101470|gb|CF061430.1|CF061430
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|166636346|gb|EG278815.1|EG278815
EST:     CTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGACCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCG
genomic: CTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGG-CCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCG
EST: gi|6865075|gb|AW360425.1|AW360425
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60342148|gb|DN209121.1|DN209121
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60342166|gb|DN209139.1|DN209139
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|88746930|gb|DY531071.1|DY531071
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGGGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|148942651|gb|EC887670.2|EC887670
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTTTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|60397921|gb|DN230737.1|DN230737
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|211424816|gb|FL445164.1|FL445164
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|32805940|gb|CD958174.1|CD958174
EST:     GATCTCTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: GATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|211138006|gb|FL213711.1|FL213711
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|37397094|gb|CF635842.1|CF635842
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|32864876|gb|CF004558.1|CF004558
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
EST: gi|40336792|gb|CK370862.1|CK370862
EST:     ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAAT                         TATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA
genomic: ATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcacca ... aatgttctagTATGGCTATGGCCCCAGCAGCGGAAGCAGCCGATCAAGATCGGATTGGCGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATTCAGCTGCTGGTGGGTACATTGATCCAATGGATCTTTACGGAGCTTATGGTTCAATGAGATCTTTCGGCAGGTTCTGTGGCGGTCTAGATTACAATgtaagcaccaaacaaatgcacaaatggcaagttttttttaatcatctgtgaatcgtcatctaataatcaattttataatgttctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC