Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaactctggaatgttcgcttgatttactgatgatcatgacgtttcttaatggttcatgtcctttttccatgtctgatatcctgtgacgccaatttccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G059151_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G059151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os06g13810.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaactctggaatgttcgcttgatttactgatgatcatgacgtttcttaatggttcatgtcctttttccatgtctgatatcctgtgacgccaatttccag
| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || | |||    | | |   |        || |   | |||   |||    ||||       | ||   | |  ||| || || | |  |  | |||| |||
GAAAGTACAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTTGACGgtacgaagcacttct-attatcaac-------gctaacagtaatgtgattt----atgg-----acctttacccaaaatctcatttcatctatcatccattttcag

upper sequence: GRMZM2G059151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA15G11890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaactctggaatgttcgcttgatttactgatgatcatgacgtttcttaatggttc-atgtcctttttccatgtctgatatcctgtgacgccaatttccag
| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  |   |       |||    ||| ||| | |   | |||  |  |    ||| | | |  ||||  |     |  |   ||     |    |  || |     
GTAAATTCAAGCCTGTGATCAAGAAGGCAATGGTGGAACTTGAAGgta-aacatatatattcatgaaaacttcattgatttgggctcaata-atccactaacgctactgtgtcactcagaaaaatgaaatgaaagggagggtaaaat-----

upper sequence: GRMZM2G059151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT1G12000.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgta--tgatgaactctggaatgttcgcttgatttactgatgatcatgacgtt-tcttaatggttcatgtcctttttccatgtctgatatcctgtgacgccaatttccag
| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||      |  | ||       ||  | |  ||| |   ||    | |  || ||||  ||     |||| ||||    | |                           
GTAAGTTCAAGCCTGTGATCAAGAAAGCAATGGTGGAACTTGAAGgtgaccctttgattcccttcccttttcatagttttcgattggcggttagattgtcttgctgac---tgtctttttgagctctgcag-----------------------

upper sequence: GRMZM2G059151_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv10s0116g00360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaactctg--gaatgttcgcttgatttactgatgatcatgacgtttcttaa---tggttcatgtcctttttccatgtctgatatcctgtgacgccaatttccag-------------------------------------------------------------------------
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || | | |     | ||| | | |   |||        |  |      || ||    || |||  |||||     ||||    | ||  |     || | |  ||                                                                           
GTAAGTTCAAGCCTGTGATCAAGAAGGCAATGGTTGAACTTGATGgtaagaagtatttctatgcatgcttg-tcattttgtctccatttgtattaactcgtagaattgcttctagtcctagaaacatgcagcaaatagtcatttgctattaccccatattcatttgtttcacttgtgaatggttgtcgccccaaccaaatatgactaagcatacattttgaaatttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67015202|gb|CO443951.1|CO443951
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAAGCTATGGTGGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAGGAA-TATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCA
EST: gi|29544787|gb|CB605395.1|CB605395
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|67014773|gb|CO443522.1|CO443522
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|67014279|gb|CO443028.1|CO443028
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGATATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|9742494|gb|BE518657.1|BE518657
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|32831581|gb|CD971259.1|CD971259
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTGGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAGATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|211286470|gb|FL080391.1|FL080391
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|211286474|gb|FL080395.1|FL080395
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|16377178|gb|BI991814.1|BI991814
EST:     CGGCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: CGGCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|31353849|gb|CD438206.1|CD438206
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|149083928|gb|EE173305.2|EE173305
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCCCCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|211286476|gb|FL080397.1|FL080397
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|211286473|gb|FL080394.1|FL080394
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAARAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|10450958|gb|BE924882.1|BE924882
EST:     ACGGCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
genomic: ACGGCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA
EST: gi|211286478|gb|FL080399.1|FL080399
EST:     GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATG                         CTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCATCAAGA
genomic: GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 288

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 223

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 126

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 418

GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaa ... caatttccagCTGCACCTTTCAAGAAATATGCATCGATGCGTGATGAGTGGGCCCTCAAGAACAGATACATCAGCCCTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAAGTTCAAGCCAGTGATCAAGAAGGCTATGGTCGAACTTGATGgtatgatgaactctggaatgttcgcttgatttactgatgatcatgacgtttcttaatggttcatgtcctttttccatgtctgatatcctgtgacgccaatttccag

- - - - - - - - - - AAGAAG