ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcactttgcag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G037698_T02
intron #	14
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os10g32880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagc-ttctaatat-tttgccatcactttgcag
|| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |      |  || || |||| | |||| | ||| |||    |||| |||| | |  ||||||| | |||
TCAAATGTTGCAAAGTTTGAGGGGCATGTTGGACCAGTGACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTTGCGgtatgaatctctccatagtgcaatctgcaaaatgttgaatttcttttttattctgatatatgtatcatcactgtacag

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT2G33340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagttt--gtttagcttcta---at-attttgccatcactttgcag-------
 | ||||| || |||||||| || ||    ||   ||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||  | ||||     |   | ||  |  || ||  |||  ||||  |   || |||||    |     || |        
GCAAATGTGGCTAAGTTTGATGGACACACTGGGGAAGTTACAGCTATATCTTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTCGCGgtgagtactttgaacaaaatacgagaagagagaatacagcttaagttatgcttacatgaatgattttctttttgtcctggaattgacag

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv05s0049g01840.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcact--ttgcag
 | ||||| || |  ||||| ||||| || ||  | || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||    |  ||   |||  |       ||||    |    |||| || ||||    |   |  ||  ||
GCAAATGTGGCAAGATTTGACGGGCACGTTGGGGCTGTAACTGCTATATCTTTCTCAGAAAATGGTTACTTCCTTGCGgtatgtgttttcctaattagaagtgtatatgtgaggaagtgacatacatttctgattttttatgcttgatgtttttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|6022161|gb|AW067089.1|AW067089

EST:     AATGG-TAC-TCCTAGCG                         -CTGCTGCTCATGATGGTG-NAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: AATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|211125233|gb|FL005606.1|FL005606

EST:     TAGGANCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTC
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTC

EST: gi|32908360|gb|CF013173.1|CF013173

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|32934237|gb|CF039049.1|CF039049

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|20811259|gb|BQ295737.1|BQ295737

EST:     ACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGG-GTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: ACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|24764727|gb|CA399890.1|CA399890

EST:     AAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: AAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|33090853|gb|CF050847.1|CF050847

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTGTGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|32933281|gb|CF038093.1|CF038093

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|32837457|gb|CD977135.1|CD977135

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|60341462|gb|DN208435.1|DN208435

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|5607968|gb|AI901635.1|AI901635

EST:     CCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: CCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|32936163|gb|CF040975.1|CF040975

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

EST: gi|33103734|gb|CF063694.1|CF063694

EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 251

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAATTTTAGGACCTTCTCTCCCTATGATTCAGATACGCCAACAAATACTG

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 79

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 66