Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcactttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G037698_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os10g32880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagc-ttctaatat-tttgccatcactttgcag
|| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |      |  || || |||| | |||| | ||| |||    |||| |||| | |  ||||||| | |||
TCAAATGTTGCAAAGTTTGAGGGGCATGTTGGACCAGTGACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTTGCGgtatgaatctctccatagtgcaatctgcaaaatgttgaatttcttttttattctgatatatgtatcatcactgtacag

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT2G33340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagttt--gtttagcttcta---at-attttgccatcactttgcag-------
 | ||||| || |||||||| || ||    ||   ||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||  | ||||     |   | ||  |  || ||  |||  ||||  |   || |||||    |     || |        
GCAAATGTGGCTAAGTTTGATGGACACACTGGGGAAGTTACAGCTATATCTTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTCGCGgtgagtactttgaacaaaatacgagaagagagaatacagcttaagttatgcttacatgaatgattttctttttgtcctggaattgacag

upper sequence: GRMZM2G037698_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv05s0049g01840.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
TCGAATGTCGCGAAGTTTGAGGGGCATGTAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatttagataaaagctatgtgcacagtgttaagtttgtttagcttctaatattttgccatcact--ttgcag
 | ||||| || |  ||||| ||||| || ||  | || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||    |  ||   |||  |       ||||    |    |||| || ||||    |   |  ||  ||
GCAAATGTGGCAAGATTTGACGGGCACGTTGGGGCTGTAACTGCTATATCTTTCTCAGAAAATGGTTACTTCCTTGCGgtatgtgttttcctaattagaagtgtatatgtgaggaagtgacatacatttctgattttttatgcttgatgtttttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211125233|gb|FL005606.1|FL005606
EST:     TAGGANCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTC
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTC
EST: gi|32908360|gb|CF013173.1|CF013173
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32934237|gb|CF039049.1|CF039049
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|78544020|gb|DV621518.1|DV621518
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|33090853|gb|CF050847.1|CF050847
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTGTGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32933281|gb|CF038093.1|CF038093
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|5713843|gb|AI943828.1|AI943828
EST:     TCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32936163|gb|CF040975.1|CF040975
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|32837457|gb|CD977135.1|CD977135
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|148940044|gb|EC884787.2|EC884787
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
EST: gi|33103734|gb|CF063694.1|CF063694
EST:     TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCG                         ACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT
genomic: TAGGACCAGTCACTGCTATGTCCTTCTCTGAAAATGGTTACTTCCTAGCGgtatgtaatt ... cactttgcagACTGCTGCTCATGATGGTGTCAAGCTTTGGGATCTTCGGAAATTAAGAAAT