Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctgagtttgcttgtcatttaatatgaattctcgcatatatttgtggaaatatttttgtagtcgaagttgcttttgtttatctagacaagatac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G032628_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os02g32660.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctgagtttgcttgtcatttaatatgaattc---tcgcatatatttgtggaaatatttttgtagtcgaagttgcttttgtttatctagacaagatac
 ||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | |  ||||| ||   ||   |||    | ||||  |||| | | |||||||| | |     |  |||||  ||  |   ||   | |   
CTTTGGATTTGCCACTGATGCTGATGCAGTAGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATTTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCCATAACCATCGGTGAAGATgtaagtgctgactatatttgtctttatgtactcatttctttagcatgcatttatagcaatattttggcatctagacatgcttaagt--aagaagttgaaagc-

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA19G37750.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctgagtttgc-ttgtcatttaatatgaattctcgcatatatttgtggaaatatttttgt--agtcgaagttgcttttgtttatctagacaagatac
|||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||||||   |||||| | |||||||| || |  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |   ||    || | | ||||| | | |      | || ||  |  || | |||| ||  ||| |  ||    | |     | |||   |     
TTTTGGTTTTGCAACTGATGTTGATGCTGTGGTTTACCTGATGCTGACTAATGATGTCATTCATGGGCTCTTCCCTGAGGCTGTTACAATTGGTGAAGATgtatgttgtctcttaaagttttgaattaatgtaattctgttaacattttattctaactgttttagtttagtagttgtcatgtctcaaattttagttgact---

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA03G35020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctgagtttgc--ttgtcatttaatatgaattctcgcatatatttgtggaaatatttttgtagtcgaagttgcttttgtttatctagacaagatac------------------------------------------------------------
|||||| ||||| || ||||| ||||| ||| ||||| ||||||||   |||||| | |||||||| || |  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |    ||    || | | ||||| |   |      | || ||  |  || | |||| | ||| ||     |        |    ||  |   |                                                             
TTTTGGTTTTGCAACTGATGTTGATGCTGTGATTTACCTGATGCTGACTAATGATGTCATTCATGGGCTGTTCCCTGAGGCTGTTACAATTGGTGAAGATgtatgttgtcctcttaaagttttgaattaatgtacttctgttaacattttattcaaactgttttaggagttgagtgaacaaaaagacaatatgatgattgaaccctctatttgactgtatgaaaactggtagttgacaattcaattttctttccatttccag

upper sequence: GRMZM2G032628_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv08s0007g03750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg---agtttgcttgtcatttaatatgaattctcgcatatatttgtggaaatatttttgtagtcgaagttgcttttgtttatctagacaagatac
|||||| | ||| ||||||||||||||  |||||||  | ||||| || |||||||| |||||||| || |  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||  ||   |     | ||  | ||    |    ||    ||   |||     |   |     |      |     | | |  | ||  |  | ||| |
TTTTGGATATGCTACCGATGTAGATGCCATGGTTTATCTAATGCTCGTTAATGATCTTATTCATGGGCTCTTCCCTGAGGCTGTTACTATTGGTGAAGATgtacgtattgttcaaagcacctgaaacttgtctttggctccttgat---ttttcaagaccttgcacatctctctacagaatctagaatctcatgttaggatcc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211070434|gb|FL128675.1|FL128675
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTGACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTCGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGG
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGG
EST: gi|6578060|gb|AW244197.1|AW244197
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|31360518|gb|CD444875.1|CD444875
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|32838173|gb|CD977851.1|CD977851
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|67032923|gb|CO461672.1|CO461672
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|31361510|gb|CD445867.1|CD445867
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|67034885|gb|CO463418.1|CO463418
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|67023243|gb|CO451992.1|CO451992
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|91873181|gb|EB403138.1|EB403138
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|31360077|gb|CD444434.1|CD444434
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|24765115|gb|CA400276.1|CA400276
EST:     GAGG-TGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: GAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|67018905|gb|CO447654.1|CO447654
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|108953879|gb|EC364910.1|EC364910
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
EST: gi|31355884|gb|CD440241.1|CD440241
EST:     ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGAT                         GTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT
genomic: ATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 43 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 82

TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGTTTTGACTATCGGATGCATATGGCTGTGGCTGACAAATGGATTGACCTTC


Block sizes: 41 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 17

TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGTTTTGACTATCGGATGCATATGGCTGTGGCTGACAAATGGATTGACCTTC


Block sizes: 35 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 8

TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGTTTTGACTATCGGATGCATATGGCTGTGGCTGACAAATGGATTGACCTTC


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 226

TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctg ... acttgttcagGTTAGTGGAATGCCTACATTTGCCCTTCCTGTTCACGATGGTGGGGTAGGTTTTGACTATCGGATGCATATGGCTGTGGCTGACAAATGGATTGACCTTC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTTGGCTTTGCCACCGATGTAGATGCAGTGGTTTACTTGATGCTGGTAAATGATCTAATTCATGGACTTTATCCTGAGGCTGTAACCATTGGTGAAGATgtaagtgctgagtttgcttgtcatttaatatgaattctcgcatatatttgtggaaatatttttgtagtcgaagttgcttttgtttatctagacaagatac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA