Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCTGCCATGTTTACATTGACAAATCAGCCGACATGGATATGGCAAAACGGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctctaatttagtagctaataattgatgtcataatacatgtctcggtgagcacaaaatcttcaaaggccatgttccttcactagactagtttaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G028535_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G028535_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g62900.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
TATCTGCCATGTTTACATTGACAAATCAGCCGACATGGATATGGCAAAACGGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctctaatttagtagctaataattg-------atgtcataatacatgtctcggtgagcacaaaatcttcaaaggccatgttccttcactagactagtttaat
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||  |  | || |  |       || |  | |||| | |||   | |    |   | ||  ||    ||||   ||      || | ||  ||
TATCTGCCATGTTTATATTGACAAATCAGCTGACATGGACATGGCAAAACGTATTGTATTGGACGCAAAGGTTGATTATCCAGCAGCGTGTAATGCCATGgtacttctctaatttacaaatttattagcgtgtgcccatatggtgatacctctct-atttattgtacttttttttaaaaaaatgtatatt------acgaattgtat

upper sequence: GRMZM2G028535_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv08s0007g01060.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
TATCTGCCATGTTTACATTGACAAATCAGCCGACATGGATATGGCAAAACGGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctctaa-----tttagtagctaataattgatgtcataatacat---gtctcggtgagcacaaaatct------tcaaaggccatgtt-------ccttcactagactagtttaat-------------------------
||| |||||||||||||| ||||| |||||  | ||| | |||||||| |  || || |||||||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||   | ||       ||  ||  ||||  ||  |  |  |  |  ||   | || | |    |  | ||        | ||||  ||| ||       | || | ||  |||||||  |                         
TATTTGCCATGTTTACATCGACAAGTCAGCTAATATGAAAATGGCAAAGCACATTGTTTTGGATGCGAAGACCGATTATCCTGCAGCCTGTAATGCAATGgtactccactccacattttctgtgactaaccatctagtttttgttttatctagcctagatttatagcagatgcatcctattaaagaacatctttaccaatcatttattaatctagtttcttattgtttctcacccggtattctcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32931318|gb|CF036130.1|CF036130
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
EST: gi|33094388|gb|CF054382.1|CF054382
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
EST: gi|33091121|gb|CF051115.1|CF051115
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
EST: gi|32931519|gb|CF036331.1|CF036331
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
EST: gi|24934245|gb|CA452463.1|CA452463
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAACAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
EST: gi|32932079|gb|CF036891.1|CF036891
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
EST: gi|61118748|gb|DN559709.1|DN559709
EST:     GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATG                         GAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT
genomic: GGATAGTATTGGATGCTAAGATTGATTATCCAGCAGCATGTAATGCAATGgtatatctct ... ctttgtgcagGAAACACTACTTGTTCATAAAGATCTTAACAAGAGTGAGGGACTTGATGAT