Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G023289_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttccttt---ttttcacatgtgc-cttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||        | |||| |||| |  ||   | ||||||  | |  |||   | | ||   |  |  |   ||||  ||| ||  |||||
GGACAACCTTGGAGGCGATAAGCTTGTTACTGTTGAAGATATTGTTCGCCAGCACTGGGGTACTTATGGTCGCCATTATTATACACGATATGACTATGAGgtactttacacaaatattca-atgtacatttatgtgtatgtat-atacatttggca-acatgctaacc--atgccatttttttcttcctgaag

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||      |    || ||| |  ||   |  |   ||  |   ||||   | ||   | | |  |  |  |||  ||| |   | |||
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatg---atacaatcgcat-tttctcctactttgttataattggttttgaaaatcagttagtg-acctcaatttttttttccttaaag

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA03G05150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||| |||      |    |||||| | |||   |  |   ||  |  |||||     ||   | | ||  |   || |  ||| |   | |||
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGTCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATAATCAATATGACTATGAAgtatg---atacaatcacattttcctcctactttgttataatctgttttgagaatcagttaatc--acctcaattttttttccttaaag

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA08G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
---GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag
    || || |||| ||   | |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||      |    |||||| |  ||   |  |   ||  |  |||||     ||   | | |   |   || |  ||| |   | |||
TAAAGATAAACTTGAAG---ACAAGCTTGTCACTGTTGAAGACATAGTTCGCCAGCATTGGGCTACTTATGGGCGCCATTATTATACTCGATATGACTATGAAgtatg---atacaatcacat-tttctcctactttgttataatctgttttgagaatcagttagt--gacctcaattttttttccttaaag

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT1G23190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatat-gtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattag--tttgtttgtgaag
  | |     ||    | ||| || ||  | |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || |||||||| || || ||||||||||||     |  |              |   ||||   ||  | |||    | | |  || | ||    | |  | |   ||||| | | |||
AAATATTGACGGTAACGCTAAACTGGTGTCAGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCATTGGGCTACCTACGGTCGTCACTATTACACTCGTTACGACTATGAGgtaaaagttgctaagtttggtgattgtaattataccatattatatggaagaaaca-gtacccttactgacatctcaaaatttgtctctaaag

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT1G70730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GGACAACCTTGGAGGAGAT---AAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgta---cttcctttttttcacatgtgccttgcata-tatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag
    | |||||  ||  ||   || || || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || || |||||||| || || ||||||||||||   ||  |   | |    ||  |   |  | | ||||||  | |           |  | || | |  | | ||| | |   | |     
---AACCCTTGATGGGAATGCAAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACATATGGCCGTCACTATTACACTCGATACGACTATGAGgtaaaactgacaaatgtcattattggttgtagacaatatgtagaataaccaattacctttgaccaatttctaaatatttgctccatag-----

upper sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
GGACAACCTTGGAGGAGATAAGCTTGTCACTGTTGAAGATATTGTCCGTCAGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctttttttcacatgtgccttgcatatatgtaccacatgtttcagatatatatcattctaaatacattagtttgtttgtgaag
||| |||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| || || ||  | |||||||| || ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||||     |  |    |        ||   |    | |  |    | |  ||    |||| || ||| |   | |  || ||  |||||
GGAAAACCTTGGTGGAGCAAAGCTTGTTACTGTTGAAGAAATAGTTCGCAATCATTGGGCTACCTATGGCCGCCACTATTATACTCGATATGACTATGAGgtatgatatactaccta-----attttttgttctagcaaaaagaatcttgga---gtatc-ttttaactggttcaaattattcttgaag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71426274|gb|DR807324.1|DR807324
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|5296174|gb|AI782854.1|AI782854
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211541121|gb|FL006422.1|FL006422
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32906153|gb|CF010966.1|CF010966
EST:     GCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|78024768|gb|DV493155.1|DV493155
EST:     GGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: GGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|31357336|gb|CD441693.1|CD441693
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGCCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|67020139|gb|CO448888.1|CO448888
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|32914018|gb|CF018830.1|CF018830
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTTGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|211190026|gb|FL186116.1|FL186116
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|149060808|gb|EE157260.2|EE157260
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
EST: gi|44900765|gb|CK827310.1|CK827310
EST:     AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAG                         AATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG
genomic: AGCATTGGGCCACATATGGTCGCCATTATTACACACGCTATGACTATGAGgtacttcctt ... gtttgtgaagAATGTCGATGCTGGGGCTGCTAAGGAGCTGATGGCAAACCTAGTAAGCATG