Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCAAGTGTGCCCAATGGCCAACCAAAATGGCTATTGTCAATAATCCCAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcagcaacttacacgttgtcatgtattaccaccgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G020721_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G020721_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os03g19970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
ATCAAGTGTGCCCAATGGCCAACCAAAATGGCTATTGTCAATAATCCCAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcag-caacttacacgttgtcatgtattaccaccgcag
||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| || | | | || | | | ||| |||| | | | || || ||| | |||
ATCAAAAGTGCCCAATGGGCAACCTAAATGGCTATTGACAATAATCCCAAATTACCCAATGCTGAATTTCATGCTCACAACTGCTATATATGTTGCAgtaagtagatcttccctgtg--actttgaagagtttagaccttacaggcaacctgcttat-gttataacttattcctacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|94472577|gb|EB701535.1|EB701535
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5325022|gb|AI783213.1|AI783213
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5895688|gb|AW036934.1|AW036934
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGA
EST: gi|5901242|gb|AW042342.1|AW042342
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5847179|gb|AW000258.1|AW000258
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5770139|gb|AI973313.1|AI973313
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|76933472|gb|DV173475.1|DV173475
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5525696|gb|AI861589.1|AI861589
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|148982689|gb|EE028500.2|EE028500
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|6227096|gb|AW155800.1|AW155800
EST:     AATTATCCACTTGCTCAATTTCATGCTGACTTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: AATTATCCACT-GCTCAATTTCATGCTGACT-ACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5895689|gb|AW036935.1|AW036935
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|86473236|gb|DY239606.1|DY239606
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|71762483|gb|DR960420.1|DR960420
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTGGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5343255|gb|AI795560.1|AI795560
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|32936459|gb|CF041278.1|CF041278
EST:     AAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGNTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGC
genomic: AAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATG-TTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGT
EST: gi|5847117|gb|AW000196.1|AW000196
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: gi|5455799|gb|AI833489.1|AI833489
EST:     CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG                         GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCAAGTGTGCCCAATGGCCAACCAAAATGGCTATTGTCAATAATCCCAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcagcaacttacacgttgtcatgtattaccaccgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG