1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
ATCAAGTGTGCCCAATGGCCAACCAAAATGGCTATTGTCAATAATCCCAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcagcaacttacacgttgtcatgtattaccaccgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G020721_T01 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5325022|gb|AI783213.1|AI783213
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5895688|gb|AW036934.1|AW036934
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAEST: gi|5901242|gb|AW042342.1|AW042342
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5847179|gb|AW000258.1|AW000258
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5770139|gb|AI973313.1|AI973313
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|76933472|gb|DV173475.1|DV173475
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5525696|gb|AI861589.1|AI861589
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|148982689|gb|EE028500.2|EE028500
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|6227096|gb|AW155800.1|AW155800
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: AATTATCCACTTGCTCAATTTCATGCTGACTTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5895689|gb|AW036935.1|AW036935
genomic: AATTATCCACT-GCTCAATTTCATGCTGACT-ACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|86473236|gb|DY239606.1|DY239606
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|71762483|gb|DR960420.1|DR960420
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTGGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5343255|gb|AI795560.1|AI795560
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|32936459|gb|CF041278.1|CF041278
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: AAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGNTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGCEST: gi|5847117|gb|AW000196.1|AW000196
genomic: AAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATG-TTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGT
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTAEST: gi|5455799|gb|AI833489.1|AI833489
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
EST: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCG GTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
genomic: CAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagat ... accaccgcagGTTTCCCATAGGCTCTTCGAATTGACTAATACCTTGAAGATGGTATTTGTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCAAGTGTGCCCAATGGCCAACCAAAATGGCTATTGTCAATAATCCCAAATTATCCACTGCTCAATTTCATGCTGACTACTGCTATATATGTTGCGgtatgtagatctcccctatgtaagataccaaagacgatagtctgcagcaacttacacgttgtcatgtattaccaccgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG