Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAGCATCATGTTGATGGCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttgaagagcacctctttcggtgtttgttggatatgggctccaccatatggttagctgcctaataggatggatatccctttttgcttaagtgagagaatgtgtgtggcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013890_T01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G013890_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os02g58020.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAGCATCATGTTGATGGCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttgaagagcacctctttcggtgttt---gttggata--------tgggctccaccatatggttagctgccta------ataggatggata-tccctttttgcttaagtgagagaatgtgtgtggcag----------------------
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||  |  | ||  | | ||  |  ||    |     |        | || | ||||||   |||  | |  ||      |    |   | | ||  ||| |  || |  |      |  || |   |                       
GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAACACCATGTTGATGGGCTTGATTTAACAGTGAACCCCCTTTTGTACATGATGAGATGCTACCCTgtaagttcaagcatcatttttatctttcctttacatccagcaacaattgctaggttgcaccatgaagttcacagtgtatggatcaccaaacatacagtctgtttgtcatttaacgttgatctaagtataaaaaatgtattatatgctctttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211429010|gb|FL174619.1|FL174619
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|211429009|gb|FL174618.1|FL174618
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|60343993|gb|DN210966.1|DN210966
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATC
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATC
EST: gi|71307301|gb|DR789831.1|DR789831
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|7216688|gb|AW562810.1|AW562810
EST:     TTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: TTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|60341793|gb|DN208766.1|DN208766
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|211142472|gb|FL453924.1|FL453924
EST:     CCCTTGATTTGMCGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: -CCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|12970170|gb|BG266849.1|BG266849
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|22552549|gb|BU102388.1|BU102388
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|60352803|gb|DN219776.1|DN219776
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|5069942|gb|AI737907.1|AI737907
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|76914779|gb|DV165687.1|DV165687
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|211429008|gb|FL174617.1|FL174617
EST:     GGCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|67015572|gb|CO444321.1|CO444321
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|78544243|gb|DV621741.1|DV621741
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|84980921|gb|DW531270.1|DW531270
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|5108202|gb|AI739915.1|AI739915
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|40336236|gb|CK370306.1|CK370306
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|211429006|gb|FL174615.1|FL174615
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|6859953|gb|AW355947.1|AW355947
EST:     GCCTTGATTTGACGGCGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GATGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGATTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|71307303|gb|DR789832.1|DR789832
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|211429007|gb|FL174616.1|FL174616
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|86472924|gb|DY239294.1|DY239294
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|37390519|gb|CF632491.1|CF632491
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|32943068|gb|CF047887.1|CF047887
EST:     ACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: ACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|211429005|gb|FL174614.1|FL174614
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|20802514|gb|BQ293564.1|BQ293564
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|213187661|gb|FM193141.1|FM193141
EST:     GATGAAGTGCTATCCG                         GGGGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|37377213|gb|CF625190.1|CF625190
EST:     GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: GCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
EST: gi|7304451|gb|AW600390.1|AW600390
EST:     CTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCG                         GGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG
genomic: CTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 346

GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAGCATCATGTTGATGGCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCGGGAAGCCTTGCCCTCCAATCTATGTACACTTTATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 331

GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAGCATCATGTTGATGGCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCGGGAAGCCTTGCCCTCCAATCTATGTACACTTTATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 297

GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAGCATCATGTTGATGGCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCGGGAAGCCTTGCCCTCCAATCTATGTACACTTTATCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 215

GTTCGCATGGCTGTATTCAATCAGCATCATGTTGATGGCCTTGATTTGACGGTGAATCCCCTTTTGTACATGATGAAGTGCTATCCGgtaagtttga ... tgtgtggcagGGTGTGCCGGAGCAGAAGTTGAGGGCACATCTGGGTTCGTTTGGTGTTTCGGGAAGCCTTGCCCTCCAATCTATGTACACTTTATCAG