Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os09g07830.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtg-caatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct
||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||| || ||| |||||    ||||    | ||| || |  ||  ||||  |   |    ||| |    || | |||  |  |    ||  ||| |||
GAAAAAATTAATGTACATGGAGGAGCTGTGTCTTTAGGACATCCTCTTGGATGCAGTGGTGCTCGAATTTTGGTCACCCTGCTTGGTgtaagttttaccttgagatgtcc-ttttgttctatgattttctctctgttttcctatgattttatgagattctgctgttcaggacacctcatccatgttct

upper sequence: GRMZM5G866758_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct---
|||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || || || ||||| || ||| | || |||  || | |  | | |   ||   |   || |  | |  |||     ||   ||   |||||   |||    |    || |       |   | |  |   
GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGTTGCAGTGGAGCCCGAATCTTGGTCACACTTTTGGGGgtatatt-tgtgctgaaacctttacat--gctctgtaatatcaactgagttaaattgtcaaaaaaaagcatcactacattactttctctgtctctagcttccc

upper sequence: GRMZM5G866758_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttt---tgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagat--ggtct-----
|||||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  | || |||||||||||||| || ||||| ||  |  | || ||| |||| ||     || |||| | ||   | |   | ||| | ||    |||| || || | ||      |||  ||   |   ||     |   |  |  ||     
GAAAAGGTCAATGTTCATGGTGGAGCTGTATCTTTGGGACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttc-at----ggaagcttatcttggttctgcataagtcaaaag--atttttttcaatacaagca---aatacttccttgacaattctctctctctgacctctgat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17931054|gb|BM268014.1|BM268014
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|30088105|gb|CB886310.1|CB886310
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTAAAATCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|101395308|gb|EB819584.1|EB819584
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|166416898|gb|EG241850.1|EG241850
EST:     CATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: CATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|71309358|gb|DR790968.1|DR790968
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|211193824|gb|FL472434.1|FL472434
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|78091101|gb|DV519475.1|DV519475
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|31909501|gb|CD650950.1|CD650950
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGN
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|110525002|gb|EE029186.1|EE029186
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|93281704|gb|EB673968.1|EB673968
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|78087734|gb|DV516127.1|DV516127
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76921549|gb|DV168617.1|DV168617
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|33095848|gb|CF055842.1|CF055842
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|71309359|gb|DR790969.1|DR790969
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|31909499|gb|CD650949.1|CD650949
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|166652708|gb|EG153921.1|EG153921
EST:     CGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: CGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76284259|gb|DV023827.1|DV023827
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|30306466|gb|CD001139.1|CD001139
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|149016999|gb|EE154316.2|EE154316
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76936635|gb|DV174816.1|DV174816
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|211206261|gb|FL471226.1|FL471226
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|29544660|gb|CB605040.1|CB605040
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|32864390|gb|CF004072.1|CF004072
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76017958|gb|DT945128.1|DT945128
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|32864696|gb|CF004378.1|CF004378
EST:     GACATCCTCTCGGGGGCAGTGGGGCTCGCATTTTGGTTACCCCTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|32862142|gb|CF001824.1|CF001824
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT