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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATCCTGCATATGGAACTTACGACTACAGCCATCAAATGCCCCAGCCTGCTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtttaattccatcccaaatttacagaatgcttctcaattataacacattaaggtatcttcctaaattttgttgcaaatgggtgactgacatgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G178294_T02
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G178294_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os03g11200.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
ATATCCTGCATATGGAACTTACGACTACAGCCATCAAATGCCCCAGCCTGCTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtttaattccatcccaaatttacagaatgcttctcaattataac------acattaaggtatcttcctaaattttgttgcaaatgggtgactgacatgt
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TTATCCTGCGTATGGAACTTACGACTACAGCCATCAAATGCCTCAATCTGCTCCTCAAGCAGCTGCTTACGGCGCCTATCCTCCAACATACCCCGCTCAGgtactgaagatgttctccatctaaacttgtagagtacctctggatttgaactgctttgtgcttagtaatctgatcaaattgtgctcgaaattatt--ttag-----

upper sequence: GRMZM2G178294_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv07s0005g04290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
ATATCCTGCATATGGAACTTACGACTACAGCCATCAAATGCCCCAGCCTGCTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtat---tgtgtttaattccatcccaaatttacagaatgcttctcaattataacacattaaggtatcttcctaaattttgttgcaaatgggtgactgacatgt
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ATATAGTGGTTACGGAAGCAGCTATACCCACCCACAAATACCAACATCAGTGCCACAGACTGCTGCTTATGGTGCTTATCCTCCAACATATCCTGTTCAGgtaccagtggcatttattgcatttatttcctgtggtttcaatcctcatcctgattgacttcagttgcaaaaaataaattatggtgattttaattatgcta---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32930152|gb|CF034964.1|CF034964
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|32933149|gb|CF037961.1|CF037961
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACANAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|32935217|gb|CF040029.1|CF040029
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|60350628|gb|DN217601.1|DN217601
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|32933726|gb|CF038538.1|CF038538
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACANAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTTCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|74245848|gb|DT653762.1|DT653762
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|60396359|gb|DN229228.1|DN229228
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|88747463|gb|DY531604.1|DY531604
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|211281773|gb|FL006153.1|FL006153
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCTTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGCAATTCTCAGCAGCACC
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTC-CAGCAGCACC
EST: gi|211283150|gb|FL440118.1|FL440118
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTYTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCMCAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|44901202|gb|CK827747.1|CK827747
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCTTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGCAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|84969298|gb|DW467739.1|DW467739
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCTTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA
EST: gi|211420309|gb|FL467594.1|FL467594
EST:     CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAG                         GCTTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGCAATTCCAGCAGCACCA
genomic: CTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtt ... cttatcgtagGCCTATACACAACAAAGCTACCCACAGCCTGCAGTAATTCCAGCAGCACCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ATATCCTGCATATGGAACTTACGACTACAGCCATCAAATGCCCCAGCCTGCTCCTCAAGCAGCTGCCTATGGTGCTTATCCTCCAACATACTCTGCACAGgtattgtgtttaattccatcccaaatttacagaatgcttctcaattataacacattaaggtatcttcctaaattttgttgcaaatgggtgactgacatgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
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