Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctgagtgttgttgcaccttgtttttttgtgggtgggccagtggggatttttttgtttgttccagatgttttcatgtttgaagcaaagtgccttc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162672_T02
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G162672_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os05g28200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GTTACCTATTGAGCACCGGTAAGCTGTATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctgagtgttgttgcaccttgtttttttgtgggtgggccagtggggatttttttgtttgttccagatgttttcatgtttgaagcaaagtgccttc--------
| ||||| || ||  |||| ||||  |||||||||||||   |||| || || ||||||||||||||| ||||||||||  | |||   || ||| ||  | ||| |       |    ||  |     || | | || || |||   |   | ||         |||| |||  |         
GCTACCTTTTCAGTTCCGGCAAGCCTTATTATGCCCTGGCACTGCTAGGACTCACAATTCCTCAGGTGGTCTTTCAGgtg-agctg---gtcgttccaattagttctcccaaatggtttcctttat---ttctctggtctgatcccactcagtacaaaac-atttcaaactgctgtgaatattaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211036110|gb|FL230102.1|FL230102
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|71759623|gb|DR957560.1|DR957560
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATAT---
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|211036106|gb|FL230098.1|FL230098
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAN
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|71314948|gb|DR794088.1|DR794088
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|211036107|gb|FL230099.1|FL230099
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|71324982|gb|DR799184.1|DR799184
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|149110076|gb|EE293890.2|EE293890
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|161591339|gb|EY962175.1|EY962175
EST:     TTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGT
genomic: TTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTG-TTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGT
EST: gi|71426127|gb|DR807177.1|DR807177
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|71763867|gb|DR961804.1|DR961804
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|32931186|gb|CF035998.1|CF035998
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
EST: gi|148929759|gb|EE285358.2|EE285358
EST:     ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAG                         TTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG
genomic: ATTATGCCCTGGTGTTGCTTGGGCTAACAATTCCTCAGGTGTTCTTTCAGgtatacctga ... cctggagcagTTCCAGTACTTCCTGAAGGACCCTGTGAAGTATGATGTCAAATATCAG