Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttagtattttataactttatccatatacccacttgtttgaacatttttaagaaatagctcatttgcattatgtttccttggccaactacgccttctgttcctcagactttactacacattcatgtatctgaaaatatctctactcttcacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162445_T01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G162445_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os05g39850.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttagtattttataactttatccatatacccacttgtttgaacatttttaagaaatagctcatttgcattatgtttccttggccaactacgccttctgttcctcagactttactacacattcatgtatctgaaaatatctctactcttcacag
| ||||||||||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | ||  ||||  ||| ||||||||   ||||   |  |    |||   ||   ||       | ||| |   ||    | |   |  |          |||   ||   | | | |   ||                                                         
TAACTGAGATGGAAGAGCGTGAACAGAGAGAGATGGAAATGAAACAACAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAAGTGGTGGTAATGCAGATGAGCATAGAAGgtgagcatagtgcct-gtcttcttaaaaatggtcctttaaaatggaaaagcatttgacactgatttctgcagtcctatttttaatgtaaagcaatgttctc---------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932328|gb|CF037140.1|CF037140
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACGTGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|71444493|gb|DR825543.1|DR825543
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|32930843|gb|CF035655.1|CF035655
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|30704942|gb|CD058634.1|CD058634
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCNCTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|60401061|gb|DN233868.1|DN233868
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|6012558|gb|AW061995.1|AW061995
EST:     TGTGGATGGGCATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: TGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|78543766|gb|DV621264.1|DV621264
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|71444494|gb|DR825544.1|DR825544
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
EST: gi|30704945|gb|CD058635.1|CD058635
EST:     GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAG                         CTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA
genomic: GCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 146

TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCAGAATGTTCCTTTAGCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 24

TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCAGAATGTTCCTTTAGCGAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 33

TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCAGAATGTTCCTTTAGCGAG


Block sizes: 44 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 9

TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttag ... ctcttcacagCTCCGGAAATGATCCAATGGATGTGGATGTTGGGAACACTTCAAACGATCAGAATGTTCCTTTAGCGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGACTGAGATGGAAGAGCGAGAACAGAGAGAAGCGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCACGATGCAGATGCAACTGGTGGCACTGTGGATGGACATGGAAGgtgattttagtattttataactttatccatatacccacttgtttgaacatttttaagaaatagctcatttgcattatgtttccttggccaactacgccttctgttcctcagactttactacacattcatgtatctgaaaatatctctactcttcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG