1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
TGACTGAGATGGAAGAGAGAGAACAGAGAGAAATGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttatatattttataactttgtccatataccctcttgtttcaactttttaaagaactaggtagctcatttccagtatgtttcctggcccatctgtgccttttattccttacccattcatgtatctgaaaaatatctctactcttcacag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G100639_T01 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTEST: gi|78024212|gb|DV492599.1|DV492599
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTEST: gi|40334809|gb|CK368879.1|CK368879
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAACGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTEST: gi|20803427|gb|BQ294477.1|BQ294477
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAEST: gi|6021880|gb|AW066808.1|AW066808
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCA
EST: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCNCTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTEST: gi|6654282|gb|AW267687.1|AW267687
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: GCTGGTCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTEST: gi|9461361|gb|BE453695.1|BE453695
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGTEST: gi|6021895|gb|AW066823.1|AW066823
genomic: GCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
EST: TGTGGATGGGCATGGAAG CTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
genomic: TGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttata ... ctcttcacagCTCTGGCAATGATCCAATGGATGTGGATGTAGGATCAAATGATCAGAATGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGACTGAGATGGAAGAGAGAGAACAGAGAGAAATGGAGATGAAACAGCAAGCTGATCATGATGCAGGTGCAACCGGTGGCACTGTGGATGGGCATGGAAGgtgatttatatattttataactttgtccatataccctcttgtttcaactttttaaagaactaggtagctcatttccagtatgtttcctggcccatctgtgccttttattccttacccattcatgtatctgaaaaatatctctactcttcacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG