Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgacactgccattgatgataggtctctccgcatcggtcacatgttctaaccttttgctgtgtctgccatgcccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T04
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgacactg-ccattgatgataggtctct-ccgcat-cggtc--acatgttctaaccttttgctgtgtctgc-catgcccag---------------
|| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||| | ||||||||||||||||| |||||  || | || |||       ||    ||     |||  | ||  |||    || | || |||||   | |     ||| | |               
GCTGCGTCGGTGGCCAAGACATTCCTCACATCGGATGTCGTCGTCGTCGAGATCAAGGAGCCTGAGCCTGCGCCCGTCACCAACCCGATGGACAACTCCGgtaaatgatattggccaaacgcactacacttcaatttcatgtgatcaaacactccctgaactgttgctaactttaaatctgctccgtctctttctgtccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16379870|gb|BI993189.1|BI993189
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|110524823|gb|EE029007.1|EE029007
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCCCCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|78080917|gb|DV509329.1|DV509329
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|148983128|gb|EE029059.2|EE029059
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCCCCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|211019215|gb|FL365163.1|FL365163
EST:     TATCAAGGAGCCGGANNC---ACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGKACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|32928664|gb|CF033476.1|CF033476
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|4573295|gb|AI586854.1|AI586854
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|149099157|gb|EE185182.2|EE185182
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|32945093|gb|CF049912.1|CF049912
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|60343623|gb|DN210596.1|DN210596
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|32929769|gb|CF034581.1|CF034581
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|5069818|gb|AI737783.1|AI737783
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|32912989|gb|CF017801.1|CF017801
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|60342862|gb|DN209835.1|DN209835
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|60395675|gb|DN228545.1|DN228545
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|211360073|gb|FL471663.1|FL471663
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|33094762|gb|CF054756.1|CF054756
EST:     CCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: CCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|8368410|gb|BE051355.1|BE051355
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|5030570|gb|AI714764.1|AI714764
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|6601638|gb|AW256034.1|AW256034
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|60355768|gb|DN222741.1|DN222741
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|4804136|gb|AI666002.1|AI666002
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|6031526|gb|AW076428.1|AW076428
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|5761879|gb|AI966852.1|AI966852
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|211500916|gb|FL458285.1|FL458285
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|211268071|gb|FL357474.1|FL357474
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCC
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCC
EST: gi|71764883|gb|DR962820.1|DR962820
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|211298346|gb|FL366289.1|FL366289
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|4609507|gb|AI600346.1|AI600346
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|32914512|gb|CF019324.1|CF019324
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTACACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACG
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACG
EST: gi|4610046|gb|AI600885.1|AI600885
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|211197446|gb|FL310846.1|FL310846
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|148961769|gb|EE012546.2|EE012546
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
EST: gi|120480889|gb|EH211078.1|EH211078
EST:     TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCCCCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTTTG                         GCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA
genomic: TATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 209

GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGATCACCATATTAATTTTTTGGTAGGCGAGGAGTCGGGTCGAGGTAGCTTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 483

GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGATCACCATATTAATTTTTTGGTAGGCGAGGAGTCGGGTCGAGGTAGCTTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 90

GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGATCACCATATTAATTTTTTGGTAGGCGAGGAGTCGGGTCGAGGTAGCTTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 301

GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgaca ... ccatgcccagGCTATGGATACTGATGAGATGCTATGGCCATGCCCCATGGGACGAAGGTGATCACCATATTAATTTTTTGGTAGGCGAGGAGTCGGGTCGAGGTAGCTTT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCGCGTCGGTGGCCAAGACCTTCCTGACATCAGATGTTGTGGTCGTCGATATCAAGGAGCCGGAGGCTGCACCTGTCGCAAACCCGATGGACAACTCTGgtaagcgacactgccattgatgataggtctctccgcatcggtcacatgttctaaccttttgctgtgtctgccatgcccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA