1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
AGTCAATCATGCAATTGGGGCTGAGGGAATCATCAGTACAGAATGCAAAGAAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgctggtttcccatgcattgttattgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaacattttgtaattgagcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G077233_T01 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|67023174|gb|CO451923.1|CO451923
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|12047192|gb|BF729331.1|BF729331
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|13125876|gb|BG316446.1|BG316446
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTEST: gi|76291014|gb|DV030582.1|DV030582
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCT
EST: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|31250410|gb|CD219434.1|CD219434
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: AAGTGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|8577168|gb|BE129805.1|BE129805
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: TGGTGGGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|32858947|gb|CD998628.1|CD998628
genomic: TGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: GAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG ACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGTEST: gi|6194440|gb|AW146544.1|AW146544
genomic: GAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGGT
EST: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAG -CAAGCCCACAGAAAGTGGTGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGG
genomic: AAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgct ... aattgagcagACAAGCCCACAGAAAGTG-TGCACTCAGATTGGTCTCTGTGTATTTGATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGTCAATCATGCAATTGGGGCTGAGGGAATCATCAGTACAGAATGCAAAGAAGTGGTGAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTTGAGTTGCTCATATCGCAGgtttggtgctggtttcccatgcattgttattgtgatgtatgtatttgtacttatctaagtatgaaacattttgtaattgagcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG