Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGATACACCCCAGATTATCTCTTCCTCCTGCAAACCATTTTGCGGACAGATCCACAGgtaattggttattttaagcaaacttgggcttaatgtgaggtattcatttgtttggtacatgtttcttttatctcagaaatccttgcttcattgtcaatttgtatcttgaccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057576_T01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G057576_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os12g01390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTGGATACACCCCAGATTATCTCTTCCTCCTGCAAACCATTTTGCGGACAGATCCACAGgtaattggttattttaagcaaacttgggcttaatgtgaggtattca--tttgtttggtacatgttt--cttttatctcagaaatccttgcttcattgtcaatttgtatcttgaccag
|||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||||  ||  || |||| |  ||| ||| |  ||||  |||||   ||||||  ||   |  ||   |||||| |   ||||   |  || | |||  || | |   || |||||
GTTGGATACACCCCTGACTACCTCTTCCTCCTCCAGACCATTTTACGTACGGATCCACAGgtaatttattggtt-aagctattttgtgct-agggtgaaatattctgctttgttctgtgggttgttgatttttatttgcaaaatttattatttactgtatatctct---tttaccag

upper sequence: GRMZM2G057576_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os11g01380.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
GTTGGATACACCCCAGATTATCTCTTCCTCCTGCAAACCATTTTGCGGACAGATCCACAGgtaattggttattttaagcaaacttgggcttaatgtgaggtattca--tttgtttggtacatgttt--cttttatctcagaaatccttgcttcattgtcaatttgtatcttgaccag
|||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||   ||  || |||| |  ||||||| |  ||||  || ||   ||||||  ||   |  ||   |||||| |   ||||   |  || | |||  || | |   || |||||
GTTGGATACACCCCTGACTACCTCTTCCTCCTCCAGACCATTTTACGTACGGATCCACAGgtaatgtattggtt-aagctattttgggct-agggtgaaatactctgctttgttctgtgggttgttgatttttatttgcaaaattaattatttactgtatatctct---tttaccag