Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttctgcagaagaaatgctgtgtgttgctattgaaagaaggatttaggtgattttcttttgcaaaaaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G015989_T01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os02g01280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttctgcagaagaaatgctgtgtgttgctattgaaagaaggattt-aggtgattttcttttgcaaaaaacag--------------------------
|| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||  |||||   |  ||  ||||   ||    ||   | || ||| | |  |    | || |                           
GTCCTTGCCAATGATAACTTCAGGTATGGTTACAATGCCGCTACAGGAAAATATGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATTATTGATCCCACCAAGgtaattttctgccgaatcaatgc---gctttcttattcgtagtcacatcagaagtaattctttcattattagaatatatattgaaatgcacgtgtgcctttgt

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv09s0002g03930.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttctgcagaagaaatgctgtg---tgttgctattgaaagaaggatttaggtgattttcttttgcaaaaaacag----------------------
||  |  ||| ||| ||    |  ||||| |||||||| || || ||  | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||| |   | |    |||| ||   ||| |||    |       |  |  |  |||    |||  |    | |                       
GTGTTGTCCAGTGACAATCCAAAATATGGTTACAATGCTGCAACTGGAAAATACGAGGATTTGATGGCTGCTGGTATAATTGATCCCACGAAAgtaagtttttcttggatgg-tgctttgacatgtagctgcaaattatgtaacctgtggaattcaaatttcaagcctatatactcaactccagacccattgat

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttctgcagaagaaatgctgtgtgttgctattgaaagaaggatttaggtgattttcttttgcaaaaaacag---------------------------------------------------------
||  | || |||   |||      |  || |||||||| |||||||| |  || |||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||   |   | ||   |   || | |    | | |  |||    | | ||      ||      || ||   |                                                            
GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAGgtacttggattcact-gcggtggttttaacttcgagagaatcttgcactttcacctttaatggctgtaagtgatttgtaaatctcgtggtgtggtggcgcagtattaagagtcttggataccatgttttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67024753|gb|CO453502.1|CO453502
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|211490742|gb|FL282858.1|FL282858
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|22491347|gb|BU051270.1|BU051270
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|32847806|gb|CD987487.1|CD987487
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|60396892|gb|DN229711.1|DN229711
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|32867895|gb|CF007577.1|CF007577
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCCCCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|211490743|gb|FL282859.1|FL282859
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67018624|gb|CO447373.1|CO447373
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|4226301|gb|AI396408.1|AI396408
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|7238275|gb|AW573542.1|AW573542
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|78081966|gb|DV510378.1|DV510378
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCCCCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|32847822|gb|CD987503.1|CD987503
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|33096671|gb|CF056665.1|CF056665
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|116821908|gb|EC865261.1|EC865261
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|32867923|gb|CF007605.1|CF007605
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCCCCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|24769817|gb|CA404946.1|CA404946
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|37379284|gb|CF626383.1|CF626383
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|16926381|gb|BM079449.1|BM079449
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|31356086|gb|CD440443.1|CD440443
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67018533|gb|CO447282.1|CO447282
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67024700|gb|CO453449.1|CO453449
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|29544666|gb|CB605046.1|CB605046
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|211490744|gb|FL282860.1|FL282860
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67021281|gb|CO450030.1|CO450030
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|32935512|gb|CF040324.1|CF040324
EST:     CAGGGGAGTATGGGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|9952879|gb|BE639462.1|BE639462
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCCCCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|26457560|gb|CA829143.1|CA829143
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|211181594|gb|FL462638.1|FL462638
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|166582092|gb|EG125898.1|EG125898
EST:     CATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAAACCTTCAT
genomic: CATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAA-CCTTCAT
EST: gi|4573038|gb|AI586687.1|AI586687
EST:     CTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|211033566|gb|FL449282.1|FL449282
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67017327|gb|CO446076.1|CO446076
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|21891546|gb|BQ744759.1|BQ744759
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|40335213|gb|CK369283.1|CK369283
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|4834970|gb|AI670196.1|AI670196
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67011543|gb|CO440292.1|CO440292
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|67022736|gb|CO451485.1|CO451485
EST:     CAGGGGAGTATGAAGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAG-TGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCNGTGGCGAAAACCT-CATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|29945491|gb|CB815666.1|CB815666
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|9952880|gb|BE639463.1|BE639463
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATT
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|21987876|gb|BQ779404.1|BQ779404
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|37380525|gb|CF627079.1|CF627079
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
EST: gi|19272604|gb|BM888860.1|BM888860
EST:     CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAG                         GTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC
genomic: CAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttct ... caaaaaacagGTTGTGAGGTGCTGCTTGGAGCATGCTGCATCGGTGGCGAAAACCTTCATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAGTATGAGGACTTGATGGCTGCTGGTATCATTGATCCCACCAAGgtgtgtttctgcagaagaaatgctgtgtgttgctattgaaagaaggatttaggtgattttcttttgcaaaaaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT