Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGTCAACAAGCATGAGTTTGCCATCAAAAGCTGGTTTAAAGAACAATAAACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatcacatcttttttttgtctctgtggataatgatattgataccagttttctaactatgattctccactatcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009849_T02
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G009849_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 31
GGTGTCAACAAGCATGAGTTTGCCATCAAAAGCTGGTTTAAAGAACAATAAACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatcacatcttttttttgtctctgtggataatgatattgataccagttttctaactatgattctccactatcag
|||  ||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||  ||||| | || || |||||| |       | |  ||  ||| | ||||  |  ||| | ||||  |  ||| || | | |  || |    ||||||
GGTAACAACAAGCATGAGCTTGCCTTCAAAAGCAGGTTCAAAGAACAACAAACATGGTCCAAATGATCGCGGATCTAATGTTAGCAAAGCGGTATCTCAAgtacg-------tttccttgctgtttatgtgattgttgaaaatgattgccttttcctgattgttgttttttgttatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17970269|gb|BM277032.1|BM277032
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|22491327|gb|BU051250.1|BU051250
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|19351752|gb|BM896284.1|BM896284
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|87153866|gb|DY398655.1|DY398655
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
EST: gi|22489504|gb|BU049427.1|BU049427
EST:     ACATGGTCC-ACACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCC-CAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTC
genomic: ACATGGTCCTA-ACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTC
EST: gi|87153811|gb|DY398600.1|DY398600
EST:     AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAA                         AGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT
genomic: AACATGGTCCTAACGATCGTGGTTCTAATGTGGGCAAACCTGTGTCCCAAgtatgcatca ... ccactatcagAGAGGACTTCCACAGAGAGCATCTGTTACTATGGTTTCTACTCAAGATTCT