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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os09g07830.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtg-caatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct
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GAAAAAATTAATGTACATGGAGGAGCTGTGTCTTTAGGACATCCTCTTGGATGCAGTGGTGCTCGAATTTTGGTCACCCTGCTTGGTgtaagttttaccttgagatgtcc-ttttgttctatgattttctctctgttttcctatgattttatgagattctgctgttcaggacacctcatccatgttct

upper sequence: GRMZM5G866758_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct---
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GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGTTGCAGTGGAGCCCGAATCTTGGTCACACTTTTGGGGgtatatt-tgtgctgaaacctttacat--gctctgtaatatcaactgagttaaattgtcaaaaaaaagcatcactacattactttctctgtctctagcttccc

upper sequence: GRMZM5G866758_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttt---tgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagat--ggtct-----
|||||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  | || |||||||||||||| || ||||| ||  |  | || ||| |||| ||     || |||| | ||   | |   | ||| | ||    |||| || || | ||      |||  ||   |   ||     |   |  |  ||     
GAAAAGGTCAATGTTCATGGTGGAGCTGTATCTTTGGGACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttc-at----ggaagcttatcttggttctgcataagtcaaaag--atttttttcaatacaagca---aatacttccttgacaattctctctctctgacctctgat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17931054|gb|BM268014.1|BM268014
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|30088105|gb|CB886310.1|CB886310
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTAAAATCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|101395308|gb|EB819584.1|EB819584
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|166416898|gb|EG241850.1|EG241850
EST:     CATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: CATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|71309358|gb|DR790968.1|DR790968
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|211193824|gb|FL472434.1|FL472434
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|78091101|gb|DV519475.1|DV519475
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|31909501|gb|CD650950.1|CD650950
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGN
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|110525002|gb|EE029186.1|EE029186
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|93281704|gb|EB673968.1|EB673968
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|78087734|gb|DV516127.1|DV516127
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76921549|gb|DV168617.1|DV168617
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|33095848|gb|CF055842.1|CF055842
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|71309359|gb|DR790969.1|DR790969
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|31909499|gb|CD650949.1|CD650949
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|166652708|gb|EG153921.1|EG153921
EST:     CGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: CGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76284259|gb|DV023827.1|DV023827
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|30306466|gb|CD001139.1|CD001139
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|149016999|gb|EE154316.2|EE154316
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76936635|gb|DV174816.1|DV174816
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|211206261|gb|FL471226.1|FL471226
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|29544660|gb|CB605040.1|CB605040
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|32864390|gb|CF004072.1|CF004072
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|76017958|gb|DT945128.1|DT945128
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|32864696|gb|CF004378.1|CF004378
EST:     GACATCCTCTCGGGGGCAGTGGGGCTCGCATTTTGGTTACCCCTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
EST: gi|32862142|gb|CF001824.1|CF001824
EST:     GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGT                         GTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT
genomic: GACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 152

GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGTGGAGGCGGAGCATCAGCTCTTGTTCTGGAGCTCGCATAAGAAATCTAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 275

GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGTGGAGGCGGAGCATCAGCTCTTGTTCTGGAGCTCGCATAAGAAATCTAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 328

GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGTGGAGGCGGAGCATCAGCTCTTGTTCTGGAGCTCGCATAAGAAATCTAGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 187

GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttcta ... ttgttaacagGTTCTCAGGGCGAAGAGTGGCAAGATCGGAGTTGCTGGTGTCTGCAACGGTGGAGGCGGAGCATCAGCTCTTGTTCTGGAGCTCGCATAAGAAATCTAGA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GAAAAGATTAATGTTCATGGAGGAGCTGTATCCTTAGGACATCCTCTCGGGTGCAGTGGTGCTCGCATTTTGGTTACCCTTATTGGTgtaagttctatcttaagatgcttgttttaccttttgagttacaatcccttttgtttaaaaaaaatgtgcaatgtttttctagtaaaaaaatagatggtct

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