Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgtgtgttttgagactcgtctcgtccgtacactgcctgatgtgtgctttgttttgttggtacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G165351_T04
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g51430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgtgtgttttgagactcgtctcgtc---cgtacactgcctgatgtgtgctttgttttgttggtacag---------
|||| || || |||||||| ||  ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| |  |   |       |||  | | |    | ||    |  |   |  ||   |    | ||  || |          
GACTCCTTATTACATATGTCGCCTTGAACCTTATGGACGGACATGGCCAACCTGCACTTCTCTACATAGTGCCCTTCACACTTGgtaattaactacctaacctatctctccccctggagcctaatgagtttatggattgaactaacctctttatatatgtctgtcag

upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv02s0025g03400.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgtgtgttttgagactcgtctcgtccg--tacactgcctgat-gtgtgctttgttttgttggtacag-----------------------
| ||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||  | ||||||||||| ||||| || ||||||  | |||     |   |   |     |||  |  |||||   |  |  | | |  |    || |   |                        
GTCTTCTCATCACATATGTGGCACTGAACTTGATGGATGGGCATGGCCAACCGGCACTCCTATACATCGTGCCATTCACACTGGgtaattctctgtcacaggcagcaaatgcaacccgattgaactgcaaaaccgattacatcttgcaattagcttatcatgaattcacacactgatgcag

upper sequence: GRMZM2G165351_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: EFJ20473 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 13
GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgtgtgttttgagactcgtctcgtccgtacactgcctgatgtgtgctttgttttgttggtacag
|  |  |  | ||  | |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||| || | |||||| |||| ||   |     ||   | |  | |       |   |  ||  | |||||   |              
GTTTGTTTCTTACGGACGTTGCATTGAACGTGATGCATGGGCATGGACAACCTGCCCTCCTCTACATCGTACCTTGCACTCTGGgta-tggcttacaagttctaaat--tttgagagagatggtttctcttttgtgccacgccag----------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149112294|gb|EE295193.2|EE295193
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|67025992|gb|CO454741.1|CO454741
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|149073466|gb|EE161770.2|EE161770
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|149060142|gb|EE157102.2|EE157102
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTTTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|149086581|gb|EE176124.2|EE176124
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|22819684|gb|BU499774.1|BU499774
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCATTCTTG                         GCCCCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|60397293|gb|DN230109.1|DN230109
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|20315451|gb|BQ169285.1|BQ169285
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|211215781|gb|FL437227.1|FL437227
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|211069335|gb|FK966504.1|FK966504
EST:     TTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: TTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|60356079|gb|DN223052.1|DN223052
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|91054682|gb|EB165100.1|EB165100
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|31406182|gb|CD484914.1|CD484914
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|74234147|gb|DT642061.1|DT642061
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|67024697|gb|CO453446.1|CO453446
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
EST: gi|67017568|gb|CO446317.1|CO446317
EST:     GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTG                         GCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG
genomic: GGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgt ... gttggtacagGCACCTTGATCGCGCTTGGATGGAAGAGAGGGGAGCTGCAGAACCTGTGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACTTCTAATCACATATGTTGCGCTGAACCTGATGGATGGGCATGGACAACCTGCCCTTTTGTACATCGTGCCCTTCACTCTTGgtaatgatgtgtgttttgagactcgtctcgtccgtacactgcctgatgtgtgctttgttttgttggtacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA