Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G109383_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaa-tgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcag
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||  | | |   |  || ||||||  || || |  | ||   |  ||||  |||||||| ||||||
GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaag-tattaggaccgtcagtcacatgattttcaaaatgccggacaagcatatcatatgaaaaccatatttcag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA05G34790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaa--aatcttggtttgca---agatttttga--atgtcatataaatctg-----acataaaaaaaccatgtttcag------
|||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||  || ||||  | || || ||||||||| | |  ||   ||| ||  |  |||   | ||  ||||    | | | || |  ||     |  |||   ||  ||  ||||       
GAGCATGCCAACCTCTGCTGCCCTGGATGTTGTAGCCAAACATCTGAATTTGAAATTTTTTGAGgtatactgctattcaatatttttaagcatgaaaatacttgatggcgacttttagacatgtaattatttaatttaattattattcaaaaccag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA08G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt----aaaatctt---ggtttgcaag-atttttgaatgtcatataaatctg-----acataaaaaaaccatgtttcag------
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  || ||||  | || || ||||||||| | |  |    ||  ||||    || || ||  | || |  ||| | | || |  ||     |  | |   ||   |  ||||       
GAGCATGCCAACCTCTGCTGCCCTGGATGTTGTTGCCAAACATCTGAATTTGAAATTTTTTGAGgtatattgctcttcaatgtcttttaagtatgaaaatacttgttgatggcttttagacatgcaattattttatttaattgttattcaaaaccag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA03G05150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcag
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  || ||||  | || || |||||| || | |  |    ||   || |   |  | |   |||    | |   |  |  || |                
GAGCATGCCAACCTCTGCTGCCCTGGATGTTGTTGCCAAACATCTGAATTTGAAATTTTTTGAGATATATTGCTC--TTCAATgtcttttaagtatgaaaatact-tgttggtg-gctattag---------------

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT1G23190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaa-----tattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcatataa----atctgacata---aaaaaaccatgtttcag
|||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |  |||||  | ||||||||||||||| |        |  || |  |     ||    ||| |       | ||||    || | | ||    |  ||| ||  | ||||
GAGCATGCCAACCTCAGCTGCTCTTGATGTCGTTGCAAAAAGCTTGAATTTGAAGTTCTTTGAGgtacatgtcaccgtgcaacttctatccagcttcttttctcctaactacataatttaatttcatatctctattaaatcacatatcag

upper sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: PP1S168_70V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 13
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcat-ataaatctgacataaaaaaaccatgtttcag------------------------------------------------------------------------
||| |||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||    |   |   |||||  |||    ||||  |||   ||  || | |    | |        ||    |  |                                                                        
GAGTATGCCAACGTCCGCTGCGCTTGATGTGGTGGCTAAGAAGTTGAACCTTAAGTTTTTCGAGgttggtt--cagcgtcttgaattggtgcatttaggaaatccaggattactgcagcgtggttctcgcactgctgtgtttgttccctcatcgtattctcgcgaggtgctcatgaagtgaatttgtgtatttggctgaaattcgctacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31363628|gb|CD447985.1|CD447985
EST:     CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|32915471|gb|CF020283.1|CF020283
EST:     CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|211541124|gb|FL006425.1|FL006425
EST:     CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|32910896|gb|CF015708.1|CF015708
EST:     CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|67024904|gb|CO453653.1|CO453653
EST:     CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|20508129|gb|BQ279907.1|BQ279907
EST:     CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|213170007|gb|FM188153.1|FM188153
EST:     CCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|31354675|gb|CD439032.1|CD439032
EST:     CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|31353391|gb|CD437748.1|CD437748
EST:     CTGCTGCTCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|67022599|gb|CO451348.1|CO451348
EST:     CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|67018536|gb|CO447285.1|CO447285
EST:     CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|67014425|gb|CO443174.1|CO443174
EST:     GTTGCAATTAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAG                         GCGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: GTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 293

GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 339

GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 166

GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 749

GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatatt ... catgtttcagGTGCCTACTGGATGGAAGTTTTTTGGGAATTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATCTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaatgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcag

- - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA