Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCTTCTCTGTTGTCTCATTGCTCTGGCAGAAGCTCATAGCTTCTCCTGAAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttatgtgttcttataagcccgagtggcggtatgaagtcatcaatattgttgttagcattcttatggctaaatgaccatccttgtttctcatgtgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107101_T05
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107101_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os01g08700.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GTGCTTCTCTGTTGTCTCATTGCTCTGGCAGAAGCTCATAGCTTCTCCTGAAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttatgtgttcttataag---cccgagtggcggtatgaagtcatcaatattgttgttagcattcttatggctaaatgaccatccttgtttctcatgtgtag
 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| | ||   | ||||||||   || || |   | ||||||| |     | | ||||| |||||||||||  |  |||||  ||| |||||| ||||| ||||
ATGCTTCTCTGTTGTCTCATTGCTCTGGCAGAAGCTCATTGCATCTCCCGAAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCATCAGGGTTGGAGAAAGgtatggtcattcctgcttataagataccagaataatgctatgaagaccgtcct-tggttgtcagcattcttata-cacaatgataatctttgtttttcatgggtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67011464|gb|CO440213.1|CO440213
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGACGAAC                         GTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAAGCATCA
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
EST: gi|166686233|gb|EG242360.1|EG242360
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAG                         GTTGTTGATGC
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGC
EST: gi|211384284|gb|FL369285.1|FL369285
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAG                         GTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
EST: gi|67013730|gb|CO442479.1|CO442479
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAG                         GTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
EST: gi|32838215|gb|CD977893.1|CD977893
EST:     ACATCAGCTCACCGAGGATGGAGGAAG                         GTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
genomic: ACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
EST: gi|211421009|gb|FL393428.1|FL393428
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAG                         GTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA
EST: gi|76293531|gb|DV033099.1|DV033099
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAG                         GTTTGT-GATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCA-CCAAGGCATC
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTT-GTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATC
EST: gi|67032478|gb|CO461227.1|CO461227
EST:     AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCANGGATGGAGGAAG                         GTTGNTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCA-GGCATCA
genomic: AAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttat ... tcatgtgtagGTTGTTGATGCACTTTGTGATGTCGTTTCAGCCTCACCAACCAAGGCATCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGCTTCTCTGTTGTCTCATTGCTCTGGCAGAAGCTCATAGCTTCTCCTGAAATGCAGATGTCTGCAGAAAGTACATCAGCTCACCAAGGATGGAGGAAGgtatgtttatgtgttcttataagcccgagtggcggtatgaagtcatcaatattgttgttagcattcttatggctaaatgaccatccttgtttctcatgtgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA