Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACAATATTTCACATGACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTGgtaagtctgtcaactacattttatatgaacattgctttctaaatttggaatctatgccgtaattttttgcccaaatactttgttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G098679_T03
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37375628|gb|CF624264.1|CF624264
EST:     ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTG                         GCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|211280254|gb|FL478194.1|FL478194
EST:     ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTG                         GCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|148953878|gb|EC899256.2|EC899256
EST:     ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTG                         GCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|60401580|gb|DN234387.1|DN234387
EST:     ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTG                         GCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
EST: gi|211084269|gb|FL474824.1|FL474824
EST:     ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTG                         GCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA
genomic: ACTCTGACTTGGGTAACACCTTAAGTATGGTGTCCTTGGTTGGTGTCTTGgtaagtctgt ... ctttgttcagGCTTATGTCACTGCCTACTCCTTTGGTATGGGTGCCATTCCATGGATCATA