Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgttttcagcatttatgttgtagattagttctaagaaccactgaataactcctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094497_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g37180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagat-------------aagttttctgta---tgttttc--agcatttatgttgtagatta------------gttctaagaaccactgaataactcctgcag
|| || ||||| || |||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||             || |||    ||   || ||||  | || |||  |  || | ||            |||||||||||     ||||| || |||||
ATATACCCACCCATCAATGTCTTGCCATCTCTCTCTCGATTGATGAAGgtgagattactcatcaatataaatttcacataaactggtttcataacagttacatgctacaataatttccatttgcgttctaagaactgtctaataattcttgcag

upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: PP1S425_12V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgtttt-cagcatttatgttgtagattagttctaagaac-cactgaataac-tcctgcag---------------------
|| || || ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||  |||      ||||  |    |  |   || | || ||||| | | | |   | |   ||  |  |  |  ||                        
ATCTACCCGCCTATTAATGTTCTGCCATCTCTGTCTCGACTGATGAAGgtgcgatcctacatctgcgtacaatatattcttcaagtggtagaatggatattgtatcatgctagacgatattttgtgtgtatttactctacttggatgc

upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: PP1S100_117V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 12
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgttttcagcatttat-gttgtagattagttctaagaac-cactgaataactcctgcag----------------------
|||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||  | |    ||   | |||||||   |||  | ||| |    | |  |   ||   || | |  |    |   |                       
ATTTATCCTCCTATTAATGTTTTGCCGTCTCTGTCACGGTTGATGAAGgtactacactggtttcttctgttttctttattagtcgttttcagctggaaccccgactgcagtcataaggaaccataataagcattcctaacttatctgt

upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: PP1S85_75V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgttttcagcatttatgttgtagattagttctaagaaccactgaataactcctgcag-------------------------
|| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |     | |  | |||  || |     |||||       ||   | ||    |     | | | || |||                           
ATCTACCCACCTATCAATGTGCTGCCATCTCTGTCGCGATTGATGAAGgtgcggcct-tatattatatccttgcgtttgttatgaccagcgttttctttatcttcagtatacttattcgtgcccactacatttttcaagtcacagagtg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13198699|gb|BG354501.1|BG354501
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32929245|gb|CF034057.1|CF034057
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|5915388|gb|AW053029.1|AW053029
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31352565|gb|CD436922.1|CD436922
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|6445489|gb|AW179407.1|AW179407
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32827029|gb|CD966707.1|CD966707
EST:     TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGGCCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928465|gb|CF033277.1|CF033277
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60353112|gb|DN220085.1|DN220085
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31352616|gb|CD436973.1|CD436973
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928932|gb|CF033744.1|CF033744
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|67022236|gb|CO450985.1|CO450985
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|211474169|gb|FL062077.1|FL062077
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|67040204|gb|CO466459.1|CO466459
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32929097|gb|CF033909.1|CF033909
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCAGGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|5804536|gb|AI979506.1|AI979506
EST:     TCTTTC-CGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32944174|gb|CF048993.1|CF048993
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60353085|gb|DN220058.1|DN220058
EST:     GATTTATCCACCCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: GATTTATCCA-CCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32788398|gb|CD940634.1|CD940634
EST:     TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60358048|gb|DN225021.1|DN225021
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32838699|gb|CD978380.1|CD978380
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60345561|gb|DN212534.1|DN212534
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|6056572|gb|AW090977.1|AW090977
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|33092363|gb|CF052357.1|CF052357
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32804255|gb|CD956491.1|CD956491
EST:     TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928990|gb|CF033802.1|CF033802
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32944913|gb|CF049732.1|CF049732
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31352900|gb|CD437257.1|CD437257
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31351441|gb|CD435798.1|CD435798
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928322|gb|CF033134.1|CF033134
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTTGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|211466584|gb|FL062035.1|FL062035
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|5871234|gb|AW017705.1|AW017705
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32799313|gb|CD951549.1|CD951549
EST:     GTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCAGATGTATCTAAT
genomic: GTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60357117|gb|DN224090.1|DN224090
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|24764051|gb|CA399220.1|CA399220
EST:     GATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: GATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|24934300|gb|CA452518.1|CA452518
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|33101328|gb|CF061288.1|CF061288
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60349999|gb|DN216972.1|DN216972
EST:     CACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: CACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|6021392|gb|AW066320.1|AW066320
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|213171194|gb|FM184433.1|FM184433
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32802000|gb|CD954236.1|CD954236
EST:     TAATATCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGGAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60344123|gb|DN211096.1|DN211096
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|33100800|gb|CF060760.1|CF060760
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60343460|gb|DN210433.1|DN210433
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31351755|gb|CD436112.1|CD436112
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 364

ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAATCAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 836

ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAATCAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 646

ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAATCAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 540

ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAATCAG