1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
AGCGTTTGCAACATACACTAATGCCAAAAGAATAGTGAAATTGGTGAATGATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatggacgattgtcctttgaacccttcagaaagatcaatttgtatttgtgatccaccaaaaagagtaaccctttttctatactactacatacaggatggtccatatcatttacttaaagtgttcttttccttttcctgccag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G085577_T01 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|32833216|gb|CD972894.1|CD972894
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTAGCEST: gi|60358978|gb|DN225951.1|DN225951
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTC-C
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGACCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|32855932|gb|CD995613.1|CD995613
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|60354619|gb|DN221592.1|DN221592
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|32832224|gb|CD971902.1|CD971902
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|24934476|gb|CA452694.1|CA452694
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAATGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|76924590|gb|DV170029.1|DV170029
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: TGTTGGTGCTGTTGTGAAACA-TGATCCCGAAGTTAACAA-TATCTGAAG GTTGTCTTTATCC-AAATTACCATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|94472102|gb|EB701060.1|EB701060
genomic: TGTTGGTGCTGTTGTGAA-CAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|211204436|gb|FL394622.1|FL394622
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCTEST: gi|211521628|gb|FL412959.1|FL412959
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
EST: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAG GTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
genomic: ATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatgg ... ttcctgccagGTTGTCTTTATCCCAAATTACAATGTATCAGTGGCTGAAGTGCTTATTCCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCGTTTGCAACATACACTAATGCCAAAAGAATAGTGAAATTGGTGAATGATGTTGGTGCTGTTGTGAACAATGATCCCGAAGTTAACAAATATCTGAAGgtatgaatggacgattgtcctttgaacccttcagaaagatcaatttgtatttgtgatccaccaaaaagagtaaccctttttctatactactacatacaggatggtccatatcatttacttaaagtgttcttttccttttcctgccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG