Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACACTGTTTTTGACTTCGGTGAGAACAGGATTGGGTTTGCCAAATCTGCATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGGgtattgtacatatatatgttgccaactggtgtaatccgcagtgtttaatagtatatattcatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077233_T04
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60352365|gb|DN219338.1|DN219338
EST:     ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGG                         AAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
genomic: ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGGgtattgtaca ... attcatgcagAAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
EST: gi|5361060|gb|AI795675.1|AI795675
EST:     ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCCG                         AAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
genomic: ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGGgtattgtaca ... attcatgcagAAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
EST: gi|60349588|gb|DN216561.1|DN216561
EST:     ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGG                         AAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
genomic: ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGGgtattgtaca ... attcatgcagAAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
EST: gi|78021457|gb|DV489844.1|DV489844
EST:     ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCCG                         AAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
genomic: ATGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCAGTTTGTTATCCGGgtattgtaca ... attcatgcagAAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTATGCTAT
EST: gi|31250410|gb|CD219434.1|CD219434
EST:     TGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCCCAGTTTGTTATCCG-                         AAATCTAAAAGAT-GTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCTTATGCTT
genomic: TGAGGACTGGAGTTCTGCGCTTTAGTAGCATGTCC-AGTTTGTTATCCGGgtattgtaca ... attcatgcagAAATCTAGAAGATTGTGGCATGATATGTGTTTGCAAATGGAGCT-ATGCTA