Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCATATGCACAGgttggtaactgaatggattatctgatgctgtattttttagcagaaaatcattgacctgaatatgttcacgtttgttgtgtgctgtcttgtctaattcatgcgaatactcatacaaaacttttgcaataccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070113_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67016395|gb|CO445144.1|CO445144
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|31628085|gb|CD526434.1|CD526434
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGG
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGG
EST: gi|211376275|gb|FL144037.1|FL144037
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|30031872|gb|CB833723.1|CB833723
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|61118021|gb|DN558982.1|DN558982
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|211376276|gb|FL144038.1|FL144038
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|33093651|gb|CF053645.1|CF053645
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|71436418|gb|DR817468.1|DR817468
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|76011812|gb|DT938982.1|DT938982
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
EST: gi|32915229|gb|CF020041.1|CF020041
EST:     ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAG                         ATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT
genomic: ACAAGCTGGAGCTTCATATGCACAGgttggtaact ... gcaataccagATGGGGAGGGCTGCAATGATTGCTGCCGCATTTGGTGGAACTTTACCTCAT